Tojiro Kagisu, auch bekannt als Commander Kagisu, dient als Kommandant im Ostautonomiemilitär. Er ist ein großer, mittelalterlicher Mann mit heller Haut, scharfen blauen Augen und kurzen dunklen Haaren, die an den Seiten rasiert sind, und besitzt ein Muttermal unter seinem rechten Auge. Typischerweise trägt er seine Free-Ordnung-Militäruniform und Stiefel, die seit seiner Zeit in Barador erhalten geblieben sind.

Commander Kagisu wird erstmals beobachtet, wie er einen in Stein gehüllten ruhenden Xam'd überwacht, bevor er von Dr. Kanba gerufen wird. Kagisu erkundigt sich nach der Kreatur und erfährt von ihren Ursprüngen. Dr. Kanba warnt ihn, dass er die Verantwortung tragen wird, wenn ihre Mission, die Wahrheit hinter den Xam'd aufzudecken, scheitert.

Am nächsten Abend präsentiert ihm seine Sekretärin Prois Sukkaki einen Bericht über eine Busexplosion, informiert ihn über Nazunas Auftreten und vermerkt Akiyuki Takehara als einzige gemeldete vermisste Person. Kagisu ist bestürzt zu erfahren, dass Akiyuki denselben Nachnamen trägt wie Ryuzo, der Mann, der ihn einst in Barador gerettet hat.

Bei seiner Ankunft auf Sentan Island schickt Kagisu Prois aus, um Ryuzo zu einem Treffen einzuladen, aber Ryuzo erscheint nicht. Während er wartet, ruft Dr. Kanba nach Kagisu und enthüllt Experimente mit einem resamplierten Hiruko, das aus dem Testtyp-Xam'd extrahiert und an Freiwilligen verabreicht wurde, beginnend mit einem Studenten namens Shidara. Kagisu reagiert wütend, aber Dr. Kanba behauptet, dass extreme Maßnahmen notwendig sind, um den Krieg zu gewinnen. Kurz darauf wird Kagisu eingesetzt, um Shidara, die sich in eine Humanform-Waffe verwandelt hat und Furuichi Teraoka angreift, einzudämmen. Nachdem ein ASP-Benutzer sie überwältigt hat, exekutiert Kagisu sie prompt und erinnert sich an Dr. Kanbas Worte.

Einige Zeit nach Shidaras Tod wird Commander Kagisu dabei beobachtet, wie er Mainsoul-Untersuchungen überwacht. Nach den ersten Tests informiert ihn Prois, dass die Bestleistenden des Live-Tests am nächsten Tag an einer Feldtrainingssession zum Tsumebara-Pass teilnehmen werden. Sie informiert ihn auch über Furuichis und Haru Nishimuras Verbindung zu Akiyuki. Am nächsten Tag, nach einer Reihe von Experimenten, die von Dr. Kanba durchgeführt wurden, erwacht der Testtyp-Xam'd plötzlich, und Kagisu eilt, um ihm zu begegnen. Er enthält die Bedrohung zunächst, aber der Xam'd entkommt, nachdem er eine Sporenblase freigesetzt und einen Teil des Trainingsgeländes beschädigt hat. Kagisu entscheidet sich, die Sicherheit der Zivilisten priorisiert, und befiehlt den Trainees, den Xam'd zu eliminieren. Furuichi gelingt dies, und an diesem Abend lädt Kagisu sowohl ihn als auch Haru in sein Büro ein, um ihre Teilnahme an der Tsumebara-Pass-Mission vorzuschlagen.

Am nächsten Tag am Tsumebara-Pass enthüllt Kagisu Prois, dass die Trainingssession, die angeblich eine Suche nach einer vermissten ASP-Einheit ist, tatsächlich eine Tarnung für das wahre Ziel des Militärs ist: die Suche nach einem seltenen Material namens grüner Seelenstein. Nachdem der Seelenstein und die vermisste ASP-Einheit geborgen wurden, informiert Furuichi Kagisu über seine und Harus Begegnung mit Akiyuki und Raigyo Tsunomata und enthüllt Akiyukis Identität als Xam'd.

Sumako Kagisu ist Kagisus Mutter. Obwohl er behauptet, sie sei verstorben, lebt Sumako noch.

Tojiro Kagisu