Erschaffen im Jahr 2140 durch genetische Ingenieurskunst der Zentralregierung, ist 044 eine Klonsoldatin, die als Kampfwerkzeug konzipiert wurde. Durch Modifikationen mit dem Hämophage-Virus verfügt sie über überlegene Stärke, Beweglichkeit und Kampffähigkeiten, was sie zur elitärsten Operativen der Regierung macht. Diese Modifikation beschleunigt jedoch ihren körperlichen Verfall, was zu einer stark begrenzten Lebensdauer führt.

Auf Missionen entsandt, um die Phage-Rebellengruppe – die mit demselben Virus infiziert ist – zu eliminieren, infiltriert 044 deren Reihen auf Befehl. Während eines Auftrags, den Phage-Anführer King zu töten, trifft sie auf den Phage-Soldaten Luka Bloom. Entgegen direkter Befehle kann sie ihn nicht töten und rettet ihn stattdessen vor seinen Verletzungen. Diese Tat brandmarkt sie als Verräterin, wodurch sie zum Ziel sowohl der Zentralregierung unter Daxus II. als auch der Phage-Truppen wird.

Ihre Rettung von Luka löst ein psychologisches Erwachen aus. An Gehorsam gewöhnt, beginnt sie, unbekannte Emotionen zu erfahren und ihre Existenz jenseits ihres programmierten Zwecks zu hinterfragen. Diese Selbstreflexion treibt sie dazu, mit Luka und ihrem Beschützer, Dr. Garcia, der seine Regierungsposition aufgibt, um ihr zu helfen, aus Neo-Tokyo zu fliehen. Während ihrer Flucht kämpft sie mit ihrer neu gewonnenen Autonomie und stellt ihre Identität und die Welt außerhalb der Regierungskontrolle infrage.

Ihre Reise enthüllt verborgene Wahrheiten über die Zentralregierung, einschließlich Daxus II.'s eigener Klonherkunft. Sie verbündet sich mit ehemaligen Gegnern wie Sakuza (Klon 6030), einem Überläufer aus den Klonstreitkräften der Regierung, um das Regime herauszufordern. Schließlich kehrt sie nach Neo-Tokyo zurück, um die Regierung direkt zu konfrontieren, und beteiligt sich an einem finalen Angriff auf deren Hauptquartier. Im Höhepunkt opfert sie sich, um den Erfolg der Mission zu sichern, und stirbt, als das Gebäude zerstört wird. Ihre Handlungen katalysieren den Untergang der Regierung.

Nach ihrem Tod überlebt Luka seine Verletzungen und erholt sich unter der Obhut von Dr. Matilda, während Garcia weiterhin mit dem Vermächtnis ihrer Entscheidung, sich ihren Schöpfern zu widersetzen, lebt.

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