Nemo beginnt als Homunkulus, erschaffen von Amis Germain, mit dem Ziel, der prophezeite „Sohn der Zerstörung“ zu werden, der den Gott der Zerstörung herbeiführen soll. Inspiriert vom Geist des ursprünglichen Helden Jenius, flieht er aus seinem Labor und gelangt in ein menschliches Dorf. Als Monster ihn verfolgen, opfert sich ein Dorfjunge namens Nemo, um den Homunkulus zu retten. Der Homunkulus absorbiert den sterbenden Jungen, nimmt dessen physische Form, Erinnerungen und Identität an und wird fortan als Nemo bekannt.

Als einziger Überlebender der Zerstörung des Dorfes Ulley durch von Physis infizierte Monster wird Nemo von Faria gerettet. Während eines Angriffs auf ihren Zug erwacht er als Nachfolger, indem er sich über eine von der Göttin Serrass gewährte silberne Karte mit Jenius verbindet. Diese Bindung ermöglicht es Jenius, sich visuell zu manifestieren, und verleiht Nemo Kampffähigkeiten durch einen Handschuh-Greifhaken, der sich in eine Klinge oder die mächtige Energiekannone Legis Breaker verwandeln kann.

Sophitia, die Anführerin des Physis-Kults, enthüllt Gareth Nemos Homunkulus-Ursprünge. Diese Enthüllung korrumpiert Gareth, führt zu seinem Verrat und einer tödlichen Verletzung Nemos. Ellen greift mit Zeitmagie ein, um Nemos Leben zu retten, und stirbt dabei fast. Während seiner Genesung wird Nemo vom Geist des ursprünglichen menschlichen Nemo besucht, der ihm vergibt und ihn auffordert, diejenigen zu beschützen, die ihm wichtig sind. Diese Begegnung stärkt Nemos Entschlossenheit, seinem vorbestimmten Schicksal zu trotzen.

In der finalen Konfrontation mit Sophitia erinnert sich Nemo an die ganze Wahrheit: Der ursprüngliche Nemo hatte sich bewusst entschieden, sich zu opfern, um ihn zu retten, und nicht einfach nur konsumiert zu werden. Diese Erkenntnis, kombiniert mit seiner Bindung zu Jenius, ermöglicht es ihnen, ihre verbleibenden Kräfte zu vereinen und das Buch der Zeit neu zu erschaffen. Sie fangen Sophitia und die dunklen Mächte darin ein und versiegeln die Bedrohung damit dauerhaft. Diese Handlung löscht Jenius’ Seele aus und beraubt Nemo aller übernatürlichen Fähigkeiten, wodurch er vollständig menschlich wird.

Nach diesen Ereignissen entscheidet sich Nemo, trotz des Verlusts seiner Kräfte bei Faria zu bleiben. Sie verlassen die Granseed-Akademie gemeinsam, um nach einer Methode zu suchen, das Buch der Zeit zu zerstören und seinen zukünftigen Missbrauch zu verhindern. Sein Charakter entwickelt sich von einem höflichen, demütigen Überlebenden, der von Schuld geplagt wird, zu einem entschlossenen Individuum, das seine eigene Identität annimmt und bereitwillig seine Macht opfert, um andere zu beschützen.

Nemo