Kenji Kondou tritt als unbeschwerter Schüler der Tatsumiya Island Junior High auf, der sein Sozialleben über das Studieren stellt. Als Pilot des Fafner Mark Acht durchläuft er eine bedeutende Entwicklung. Seine frühere Persönlichkeit projiziert ein selbsternanntes "cooles" Image, obwohl andere sein Verhalten oft als peinlich empfinden. Er ist Schulsprecher, eine Position, die er mangels anderer Kandidaten übernahm, obwohl viele fälschlicherweise glauben, Soushi Minashiro habe diese Rolle.

Er trainiert eng mit seinen Freunden Sakura Kaname und Mamoru Kodate im Dojo von Sakuras Familie, wo sie ihn regelmäßig im Kampf besiegt. Anfangs zeigt Kenji starke Angst vor dem Piloten des Fafner und äußert häufig den Wunsch, nicht kämpfen zu müssen. Sakuras Verletzlichkeit im Kampf wird zum Wendepunkt, der ihn entschließen lässt, stärker zu werden, um sie zu beschützen – dies markiert seinen Wandel vom widerwilligen Piloten zum engagierten Verteidiger der Insel.

Seine Beziehung zu Sakura bildet einen zentralen Handlungsbogen; er macht ihr schließlich einen Heiratsantrag, wodurch sie den Namen Sakura Kondou annimmt. In späteren Fortsetzungen zeigt ihre Dynamik gegenseitige Unterstützung: Kenji genießt ihre gemeinsamen Mahlzeiten, während Sakura ihn ermutigt, Verantwortung mit persönlicher Erfüllung in Einklang zu bringen.

Kenji empfindet eine Rivalität zu Kazuki Makabe, fordert ihn häufig in verschiedenen Aktivitäten heraus, verliert aber stets. Kazuki teilt diese Wettbewerbshaltung nicht. Beruflich wechselt Kenji vom Frontpiloten zu einer medizinischen Rolle bei Alvis, wo er Gesundheitsuntersuchungen für Piloten und Personal durchführt. Er verabreicht Behandlungen wie Schmerzmittel für Soushi Minashiro und berät in medizinischen Protokollen während des Kampfes. Zu seinen Aufgaben gehört die Überwachung des körperlichen Zustands von Schülerpiloten sowie die Zusammenarbeit mit Kollegen wie Maya Toomi, die er daran erinnert, in medizinischen Umgebungen professionelle Kleidung zu tragen.

Während der Fünften Operation Azure bedient Kenji das Siegfried-System und beweist seine strategische Bedeutung. Als ihn ein feindliches Festum, das das System durchbricht, zu assimilieren droht, spritzt er sich mehrere Activion-Röhren in den Hals, um die Verbindung gewaltsam zu trennen. Diese Aktion verursacht schwere körperliche Schäden, befreit aber die meisten verbundenen Piloten – allerdings kann er Rina Nishios Assimilation nicht verhindern. Während dieser Krise sieht er ein Video seiner Frau und seines Sohnes, was seinen Beschützerinstinkt verstärkt.

Sein Vorname "Kenji" kombiniert die Zeichen für "Schwert" (剣) und "Offizier" (司), während "Kondou" von "nah" (近) und "Glyzinie" (藤) abgeleitet ist.

Kenji Kondou