Ultra Magnus debütierte im japanischen Exklusiv-OVA „Scramble City“, wo er den Bau von Metroplex tief in einer Autobot-Einrichtung überwachte. Er kommandierte die Autobot-Verteidigung, nachdem Decepticons, die durch Ratbats Spionage alarmiert worden waren, den Standort angriffen. Magnus setzte Kombiner-Teams wie die Aerialbots strategisch gegen Devastator ein und mobilisierte später den fertiggestellten Metroplex, um die Decepticon-Kombiner Menasor und Bruticus zu besiegen.

Im weiteren Generation 1-animierten Kontinuum befehligte Ultra Magnus Autobot City auf der Erde. Während ihrer Verteidigung gegen einen Decepticon-Angriff im Jahr 2005 übergab ihm der tödlich verwundete Optimus Prime widerwillig die Matrix der Führung, obwohl er zögerte, das Kommando zu übernehmen. Zur Führung gezwungen, organisierte er einen Autobot-Rückzug nach Cybertron, verfolgt von Galvatron. Nachdem ihr Shuttle auf dem Planet der Junkions abgestürzt war, zerlegte Galvatron ihn und beschlagnahmte die Matrix. Von den Junkions repariert, kämpfte er gegen Unicron, wo Hot Rod die Matrix an sich nahm, um zu Rodimus Prime zu werden. Ultra Magnus gab dann die Führung ab und wurde Rodimus‘ vertrauter Berater und Stellvertreter.

Seine späteren Missionen umfassten die Entführung durch Quintessons für Verhaltensexperimente neben Cyclonus, wo sie während ihrer Flucht aus einem negativen Universum gegenseitigen Respekt entwickelten. Er rettete Wheelie und Daniel Witwicky von Cyclonus, nachdem sie sein Erstellungsdatum für einen Geburtstag suchten. Er konfrontierte Galvatron mehrmals und zog besondere Feindseligkeit auf sich, da er Galvatrons ursprüngliches Ziel war. Ein frühes Opfer der Hate Plague wandte er sich gewaltsam gegen Rodimus Prime, bis er durch Optimus Primes Wiederauferstehung geheilt wurde. Im Jahr 2007 verteidigte er Cybertron während des Plasma-Energy-Chamber-Konflikts und erlitt kritischen Schaden, bevor die Ordnung wiederhergestellt wurde.

Japanische exklusive Fortsetzungen zeigten frühere Ereignisse, in denen er vor 2005 auf der Erde ankam, um die Autobot Road und Scramble City-Technologie zu entwickeln und Optimus Prime einen aktualisierten Anhänger mit der „Scramble Power Buster“-Kanone lieferte. In „Transformers: The Headmasters“ kommandierte er Autobot City während erneuter Decepticon-Angriffe im Jahr 2011. Seine langjährige Rivalität mit Sixshot gipfelte in einem Duell, in dem Sixshot ihn mit einem siebten Verwandlungsmodus tötete. Mit letzten Worten, die den Schutz der Erde forderten, wurde er auf Wunsch von Metroplex dort begraben. Sein Körper behielt bemerkenswerterweise nach dem Tod seine Farbe, was entweder auf seine gepanzerte Physiologie oder auf Animationsinkonsistenzen zurückgeführt wurde.

Sein Alternativmodus war ein weißer Freightliner-Autotransporter. Sein Spielzeug enthielt einen kleineren Roboter, der Optimus Prime ähnelte und sich mit dem Anhänger kombinierte, um einen größeren gepanzerten Roboter zu bilden, obwohl die meisten Fiktionen nur die kombinierte Form zeigten. Der Anhänger konnte beim Umkehren in einen Basismodus umkonfiguriert werden, wobei die Brustplatte einen Geschützwerfer bildete.

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