Masaru Kōmyōji, das jüngste Kind des Robotikexperten Dr. Hiroshi Kōmyōji und jüngerer Bruder von Mitsuko Kōmyōji, trat nach der Entführung seines Vaters in den Konflikt mit der Terrororganisation DARK ein und schloss sich seiner Schwester und dem Androiden Jiro an. Sein Hintergrund ist von schwerwiegenden familiären Traumata geprägt: Seine Mutter verließ die Familie kurz nach seiner Geburt aufgrund ihrer Verbindung zu Professor Gill, und sein Halbbruder Ichiro starb, bevor Masaru geboren wurde. Die workaholic-Tendenzen seines Vaters und dessen späteres Verschwinden führten zu einer instabilen Kindheit, wodurch Mitsuko seine primäre Bezugsperson wurde.

Masaru zeigt emotionale Verletzlichkeit, gepaart mit lebhaftem Kampfgeist. Er erlebt intensive Verzweiflung, etwa als er erfährt, dass seine Mutter für DARK spionierte, oder als er fälschlicherweise annimmt, Jiro habe seinen Vater getötet. Trotz dieser Traumata beweist er Widerstandsfähigkeit und eine proaktive Haltung, beteiligt sich aktiv an der Suche nach seinem amnesischen Vater und entwickelt Strategien. Einmal täuschte er Detektive, um den Aufenthaltsort seiner Schwester zu erfahren, und reiste eigenständig mit dem Zug zu einer abgelegenen Hütte, um sich Mitsuko und Jiro anzuschließen – doch DARK-Roboter fingen ihn ab.

Seine Beziehung zu Jiro entwickelt sich entscheidend. Anfangs vertrauensvoll, verbündet sich Masaru nach Manipulation durch Saburo (Hakaider) – in dem Glauben, Jiro habe seinen Vater ermordet – aggressiv gegen den Androiden. Erst als Jiro sich ergibt, um weiteren Kampf zu vermeiden, erkennt Masaru dessen Güte. Später hilft er sogar, Jiro nach dessen Zerstörung durch den Destructoid Red Mine Toad wieder zusammenzusetzen, was sein praktisches Engagement zeigt.

Masaru handelt entschlossen, stellt sich Polizisten physisch entgegen, die taktlose Bemerkungen machen, und verlässt eigenständig sichere Orte, um sich gefährlichen Missionen anzuschließen. Seine Erlebnisse – wiederholte Konfrontationen mit DARK, psychologische Manipulation rund um seine Familie – formen ihn von einem sichtlich verstörten Kind zu einer einfallsreicheren, mutigeren Figur. Nach DARKs Niederlage und Professor Gills Tod verlässt er Japan mit seinem geretteten Vater und seiner Schwester, womit seine direkte Beteiligung endet.

Masaru Kōmyōji