Die elfjährige Miyori kommt zurückgezogen und voller Groll in dem abgelegenen Bergdorf ihrer Großeltern an, nachdem sie aufgrund der Trennung ihrer Eltern während ihrer Scheidung aus Tokio verdrängt wurde. Dieser plötzliche Umbruch nährt ihren Zynismus und ihre anfängliche Ablehnung sowohl menschlicher Bindungen als auch der unbekannten ländlichen Welt. Unbekannt für sie ereignete sich in der Nähe ein bedeutendes Kindheitserlebnis: Im Alter von etwa einem Jahr verschwand sie während eines Familienpicknicks und wurde von Waldgeistern unter einem uralten Kirschbaum mit einem Bärenjungen spielend aufgefunden. Der Baumgeist verkündete sie daraufhin zur zukünftigen Hüterin des Waldes, eine Erinnerung, die begraben blieb, bis sie ein Jahrzehnt später zurückkehrte.

Schwer damit beschäftigt, sich anzupassen, weigert sich Miyori, eine Bindung zu ihren Großeltern oder den Dorfkindern aufzubauen. Ihre Erkundungen führen zu Begegnungen mit übernatürlichen Wesen – Geistern wie dem Gestaltwandler Bokuriko, dem Flussgeist Kanoko und dem Kirschbaumgeist. Diese erkennen sie als die designierte Nachfolgerin ihrer Großmutter, der aktuellen menschlichen Hüterin, doch Miyori weist sie zurück und lehnt diese Verantwortung ab.

Ein entscheidender Wendepunkt tritt ein, als Miyori eine geisterhafte Frau an einer verbotenen Quelle trifft, eine Selbstmörderin, die Pläne für einen Damm enthüllt, der den Wald und das Dorf überfluten wird. Miyori nutzt dieses Wissen später während eines Streits mit dem Dorfjungen Daisuke. Nachdem Daisuke die Quelle untersucht und der Geist – der einen Hass auf Männer hegt – ihn gefangen nimmt, greift Miyori ein. Die Konfrontation mit dem Geist zwingt Miyori, ihre eigene Neigung, anderen die Schuld für ihr Unglück zu geben, anzuerkennen. Die erfolgreiche Vertreibung des Geistes markiert ihren ersten Schritt zur emotionalen Öffnung, katalysiert eine vorsichtige Freundschaft mit Daisuke und festigt ihren Entschluss, den Wald zu schützen.

Als sie erfährt, dass das Dammprojekt gestoppt werden könnte, wenn eine gefährdete Steinadlerart lokal gefunden wird, organisiert Miyori die Dorfkinder für die Suche und mobilisiert die Waldgeister zur Unterstützung. Als die Geister entdecken, dass die Dammvermesser planen, alle Adler zu töten, um fortzufahren, entwirft Miyori einen Plan, bei dem Bokuriko sich in einen Adler verwandelt. Nachdem Bokuriko während der List verletzt wird, sucht Miyori Heilung beim Kirschbaumgeist, was ihre spirituelle Verbindung vertieft. Dann führt sie eine koordinierte Aktion mit den Geistern an, um bewaffnete Jäger zu vertreiben und schließlich den Wald zu schützen. Ihre Führung während dieser Krise festigt ihre Akzeptanz der Hüterrolle.

Anschließend lehnt Miyori das Angebot ihrer Mutter ab, nach Tokio zurückzukehren, und erklärt, sie würde es nur in Betracht ziehen, wenn ihre Eltern sich versöhnten. Sie entscheidet sich, dauerhaft bei ihren Großeltern als Hüterin des Waldes zu bleiben. Der beschädigte Kirschbaum, ein Symbol für die Gesundheit des Waldes, beginnt sich unter ihrer Obhut zu erholen, was ihre vollständige Integration in die Rolle symbolisiert. Ihre fortlaufenden Abenteuer im Dorf und Wald, die in Manga-Fortsetzungen festgehalten sind, zeigen ihr Leben, das der Hüterschaft gewidmet ist. In einer manga-spezifischen Handlung kommt ihre Mutter mit einem instabilen Partner an, der Miyori kurzzeitig entführt; sie entkommt unversehrt mit Hilfe der Geister, was ihren Entschluss zu bleiben verstärkt.

Miyori