Kyoya Gaen tritt als primärer Antagonist auf, der über mehrere Staffeln hinweg agiert. Ursprünglich war er der Leiter der Gaen Financial Group, finanzierte die Aibo Academy und produzierte sowohl Core Deck Cases als auch Dark Core Deck Cases. In der Öffentlichkeit präsentiert sich Kyoya als charismatischer, höflicher und weithin bewunderter Philanthrop. Im Privaten offenbart er jedoch eine kalte, manipulativere und skrupellose Natur, die Freundschaft ausschließlich als Mittel zur Kontrolle betrachtet. Er bündelt systematisch Verbündete, die er für nutzlos hält, verrät Rouga Aragami nach Jahren vorgetäuschter Freundschaft und orchestriert die Löschung von Terumi Kuchinawas Erinnerungen.

Seine prägende Hintergrundgeschichte beinhaltet die Begegnung mit Rouga in einer heruntergekommenen Stadt während ihrer Jugend. Nach einem Buddyfight bot Kyoya Freundschaft an, während er heimlich Rougas Loyalität testete; er spielte absichtlich falsch, um zu sehen, ob Rouga ihn korrigieren würde, und etablierte so sein Muster, Vertrauen auszunutzen. Als er später die Gaen Financial Group erbte, entdeckte er die Darkness Dragon World, deren Monster Azi Dahaka und die Disaster Force – eine Macht, die es ermöglicht, Karteneffekte in der realen Welt zu manifestieren und Portale zur Darkness Dragon World zu öffnen. Er gründete die Gruppe "Disaster" und täuschte die meisten Mitglieder, indem er ihnen vorgaukelte, sie würden diese Macht nutzen, um die Welt zu beschützen.

In Staffel 1 plante Kyoya Intrigen, um andere mit Dark Cores zu korrumpieren. Er manipulierte Tasuku Ryuenji, indem er die Buddy Police als korrupt darstellte (nachdem er sie selbst heimlich korrumpiert hatte), was Tasuku dazu veranlasste, sich Disaster als Purgatory Knight anzuschließen. Kyoya veranstaltete das Gaen Cup-Turnier, um Dark Cores weltweit zu verteilen, und behauptete fälschlicherweise, die Disaster Force könne eine Invasion aus der Darkness Dragon World abwehren. Sein wahrer Plan zielte darauf ab, Invasionsportale zu öffnen, um die Gesellschaft unter seiner Herrschaft neu aufzubauen, indem er Individualität auslöschte. Als Gao Mikado ihn besiegte und die Future Force die Portale schloss, entging Kyoya der Verhaftung aufgrund zerstörter Beweise. Gao bot ihm später Freundschaft an, was zu einer zögerlichen, aber geringfügigen Veränderung in Kyoyas Perspektive führte; er gab die Kontrolle über die Aibo Academy auf, lehnte es jedoch ab, sich zu sozialisieren.

In Staffel 2 tauchte Kyoya wieder auf und beobachtete Gaos Kämpfe. Er lieferte Energie, um Tasuku die Reise in die Zukunft zu ermöglichen, und äußerte Interesse daran, eine vereinte Welt während einer Sendung über eine dystopische Zukunft zu regieren. Er gab auch zu, Ikazuchi durch Sofia Saharov einen Dark Core gegeben zu haben, um die Welt vor Yamigedo zu retten und sein öffentliches Image als Held zu stärken.

In *Triple D* kehrte Kyoya zurück, um die "Ultimate Dragon Power" zu suchen und eine unbesiegbare Dragon-Ein-Karte zu erschaffen. Er forderte Gao Mikado und Gaito Kurouzu heraus und zeigte starkes Interesse an den verborgenen Fähigkeiten von Bal Dragon. Sein Dragon-Ein-Deck entwickelte sich zu Dragon Zwei, mit Fokus auf Purgatory Knights und Azi Dahakas verbesserte Formen wie Great Demonic End Dragon und Black Sky Sun Dragon Azi Dahaka Daeva. Seine Strategien nutzten Fähigkeiten, um wiederholt anzugreifen oder gegnerische Ressourcen zu stören, insbesondere durch den kolossalen Demonic Dragon Deity of the Black Sun, Gaen. Dieser Handlungsstrang gipfelte in einem World Buddyfight Championship-Match gegen Noboru Kodo und später Gao, bei dem seine Ambitionen nach ultimativer Macht vereitelt wurden.

Spätere Staffeln zeigten weitere Deck-Entwicklungen: Sein Dragon-Zwei-Deck integrierte "Supreme Dragon Deity of Creations" und "Wings of Creation", während eine Ace-Nebengeschichte "Wings of Atonement" enthielt, was einen thematischen Wandel von Vernichtung zu Schöpfung symbolisierte.

Kyoyas Kampfstil nutzte vielseitige Drachenkarten aus verschiedenen Welten. Sein charakteristisches Dragon-Ein-Flag erlaubte den uneingeschränkten Einsatz von Drachenattribut-Karten, allerdings mit dem Nachteil, mit nur 4 Karten und 12 Life zu beginnen. Er setzte Ancient World-Zauber ein, um seine Handgröße auszugleichen, und Dragon Shields zur Verteidigung. Zu seinen Schlüsselstrategien gehörte die Nutzung von Dragon Throne, um die Feldgröße zu erhöhen, Azi Dahaka zu beschwören, um Felder zu räumen, und dann Aqulta Gwaneff auszurüsten, nachdem es zerstört wurde, um direkte Angriffe zu erzwingen und gleichzeitig Schutzschilde zu ziehen.

Kyōya Gaen