Nachdem er durch das experimentelle Gift APTX 4869, das von der Schwarzen Organisation nach einem Angriff im Tropical Land verabreicht wurde, wo er verdächtige Aktivitäten beobachtet hatte, in ein Kind verwandelt wurde, nimmt Shinichi Kudo das Pseudonym „Conan Edogawa“ an. Diesen Namen leitet er von den Krimiautoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo ab, um seine Identität und seine Lieben zu schützen. Professor Agasa, sein Nachbar, organisiert, dass Conan bei Ran Mouri und ihrem Vater Kogoro Mouri lebt.

Conan schreibt sich an der Teitan-Grundschule ein und schließt sich den Detektivjungen an – seinen Klassenkameraden Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya und Genta Kojima. Obwohl er sie zunächst als lästig empfindet, erwärmt er sich allmählich für die Gruppe und überträgt ihnen gelegentlich Ermittlungsaufgaben. Um Informationen über die Schwarze Organisation zu sammeln, unterstützt er heimlich Kogoro Mouri bei dessen Detektivarbeiten mit Erfindungen von Professor Agasa. Dazu gehören ein Betäubungspfeil, um Kogoro außer Gefecht zu setzen, und eine sprechverändernde Krawatte, um ihn während der Deduktionen zu imitieren, was die „Schlafender Kogoro“-Persona erschafft. Wenn nur Ran Mouri und Sonoko Suzuki anwesend sind, nutzt er manchmal Sonoko als Stellvertreterin, was zu ihrem eigenen Ruf als „schlafende Detektivin“ führt. In späteren Fällen löst Conan Rätsel direkt und schreibt die Lösungen Shinichi Kudo zu.

Conan behält das Aussehen und die Manieren eines Kindes bei, nennt Ran „Ran-neechan“ und bezeichnet Shinichi als „Shinichi-niichan“. Seine erhaltene Intelligenz, seine deduktiven Fähigkeiten und sein Wissen verleihen ihm den Beinamen „Heisei Holmes“. Oft setzt er bei Ermittlungen fortgeschrittene Logik ein und schiebt den Verdacht auf Fernsehen oder Lehren von Kogoro, Agasa oder Shinichi, um Misstrauen zu vermeiden. Ein starkes Gerechtigkeitsgefühl treibt ihn an, in die Enge getriebene Täter davon abzuhalten, Selbstmord zu begehen – eine Entschlossenheit, die aus einem früheren Scheitern resultiert. Er bleibt beschützend gegenüber Ran Mouri, obwohl ihre Unkenntnis seiner wahren Identität zu peinlichen Momenten führt, wie wenn sie ihm ihre Gefühle für Shinichi gesteht. Bei den Detektivjungen verhält er sich natürlicher, doch seine Unkenntnis von Kinderspielen und schlechte Videospielfähigkeiten lassen ihn auf Gleichaltrige unerfahren wirken.

Seine detektivischen Fähigkeiten umfassen ein fotografisches Gedächtnis, akute Aufmerksamkeit für Details und das Erkennen von Unstimmigkeiten an Tatorten und in Aussagen. Körperlich eingeschränkt, werden seine Fußballfähigkeiten durch Professor Agasas kraftverstärkende Kick-Schuhe unterstützt, um Verbrecher zu überwältigen. Er zeigt Fertigkeiten im Skifahren, Snowboarden und Eislaufen und besitzt grundlegende Fähigkeiten im Umgang mit Schusswaffen. Eine bemerkenswerte Schwäche ist seine Tonunfähigkeit, die sein Singen beeinträchtigt.

In „Das Million-Dollar-Pentagramm“ arbeitet Conan mit Heiji Hattori zusammen, um einen Raubüberfall und Mord in Hakodate zu untersuchen, an dem Kaito Kid beteiligt ist, der Schwerter anvisiert, die mit einem historischen Schatz verbunden sind. Conan deduziert den Standort des Schatzes mithilfe eines pentagrammförmigen Parierstabs und einer Ausrichtung aus der Luft über Goryokaku, wobei er Professor Agasas Heißluftballon und einen Laserpointer nutzt, um den Berg Hakodate zu lokalisieren. Er konfrontiert den Waffenhändler Brian D. Kadokura, der versucht, stadtweite Sprengstoffe zu zünden, und arbeitet mit Kid (als Kadokuras Untergebener Nacho verkleidet) zusammen, um den Plan zu vereiteln. Während dieser Ereignisse wird eine familiäre Verbindung zwischen Shinichi Kudo und Kaito Kuroba aufgedeckt, die ihre körperliche Ähnlichkeit erklärt.

Conan setzt seine Verfolgung der Schwarzen Organisation mit Verbündeten wie dem FBI und Ai Haibara (ehemals Sherry von der Schwarzen Organisation) fort, die ihm Informationen über die Gruppe liefert. Er ist auf Mitglieder wie Bourbon, einen Beamten der öffentlichen Sicherheit, und Rum, den stellvertretenden Leiter der Organisation, gestoßen, während er seine zivile Tarnung aufrechterhält.

Conan Edogawa