Musashi dient im Team Rocket-Trio zusammen mit Kojiro und Nyarth. Sie beteiligt sich an einem Plan, um Trainer abzufangen, die nach New Island unterwegs sind, indem sie sich und ihre Teamkollegen als Bootskapitäne auf einem Lapras-förmigen Segelboot am Old Shore Wharf verkleidet. Diese List ermöglicht es ihnen, die Protagonistengruppe über die stürmische See zu transportieren, die absichtlich erzeugt wurde, um Reisende aufzuhalten.

Als ihr Schiff in dem heftigen Sturm untergeht, überleben Musashi und ihre Begleiter und erreichen unabhängig voneinander New Island. Sie dringen heimlich in das innere Heiligtum der Insel ein, versehentlich verfolgt vom mystischen Pokémon Mew. Dort entdecken sie Klonanlagen, in denen gefangene Pokémon dupliziert werden, einschließlich Nyarth.

Nach dem klimatischen Konflikt zwischen Mewtwo und Mew kehrt sich die Zeit um und die Erinnerungen verschwinden. Musashi und ihre Teamkollegen finden sich gestrandet auf New Island wieder, ohne sich an ihre Ankunft erinnern zu können. Trotz ihrer Situation scheinen sie zufrieden zu sein und genießen ihre Zeit auf der Insel.

Musashi