Satoshi reist mit seinen Begleitern Misty und Brock nach Alto Mare. Während eines lokalen Wasserrennens erhascht er einen flüchtigen Blick auf eine unsichtbare Latias, bevor er auf die Antagonisten Annie und Oakley trifft, die versuchen, das Pokémon zu ergreifen. Nach diesem Zusammenstoß führt er Latias in Sicherheit. Von Neugier getrieben, besucht er ein Museum, wo der Kurator Lorenzo die Geschichte von Alto Mare und das Artefakt Seelentau enthüllt. Später verfolgt Satoshi Bianca durch die Stadt in einen versteckten Garten, der von Latias und Latios bewohnt wird, und beobachtet, wie Pikachu mit den Eon-Pokémon interagiert.

Als Annie und Oakley Latios fangen und den Seelentau stehlen, um Alto Mares Verteidigungsmechanismus (D.M.A.) zu aktivieren, schreitet Satoshi ein. Latias entkommt den Antagonisten und bittet ihn um Hilfe. Nachdem der D.M.A. aktiviert wird und fossile Pokémon wiederbelebt, dringen Satoshi und Pikachu gemeinsam mit Latias in das Museum ein. Sie stellen sich den Antagonisten entgegen, um die Waffe zu deaktivieren und Latios zu befreien. Während des Kampfes zerbricht der Seelentau und löst eine gewaltige Flutwelle aus, die die Stadt bedroht. Latias und Latios vereinen ihre Kräfte, um die Welle aufzuhalten, doch Latios stirbt bei dem Versuch.

Bevor Satoshi Alto Mare verlässt, trifft er auf ein mysteriöses Mädchen, das Bianca ähnelt. Sie übergibt ihm eine Zeichnung, die ihn und Pikachu zeigt, küsst ihn schweigend und verschwindet dann. Satoshi, Misty und Brock setzen ihre Reise fort.

Satoshi