Satoshi, ein zehnjähriger angehender Pokémon-Meister aus Alabastia, verschläft den Tag, an dem er sein erstes Pokémon von Professor Eich erhalten soll. Als er zu spät kommt, erhält er Pikachu anstelle eines standardmäßigen Starter-Pokémon. Pikachu erweist sich als unberechenbar und ungehorsam, verweigert den Pokéball und widersetzt sich Befehlen. Ihre Beziehung bleibt angespannt, wie bei einer Begegnung mit einem wilden Taubsi.

Die Dynamik ändert sich dramatisch, als ein Schwarm Habitak angreift. Satoshi schützt Pikachu mit seinem Körper, woraufhin Pikachu einen mächtigen Donnerblitz entfesselt und die Habitak vertreibt. Diese Tat schmiedet eine starke Bindung. Nach dem Sturm erscheint das legendäre Pokémon Ho-Oh am Himmel und lässt eine Regenbogenfeder fallen. Der Anblick von Ho-Oh inspiriert sie, zum Schicksalsberg zu reisen, getrieben von der Prophezeiung, dass der Träger der Regenbogenfeder – der "Regenbogenheld" – dazu bestimmt ist, Ho-Oh zu treffen.

Satoshi zeigt früh bemerkenswerte Fähigkeiten, indem er strategisch ein Raupy fängt, nachdem er es mit Pikachu geschwächt hat. Er bringt Pikachu die Attacke Eisenschweif bei. Satoshi erringt mehrere Orden, darunter einen legitimen Sieg über die Arenaleiterin Erika von Prismania für den Regenbogenorden. Sein Raupy entwickelt sich zu Safcon und später zu Smettbo. Er rettet ein verlassenes Glumanda, das von seinem Trainer Cross als zu schwach erachtet wurde, pflegt es gesund, und es schließt sich freiwillig seinem Team an, entwickelt sich später zu Glutexo und dann zu Glurak.

Reisebegleiter gesellen sich zu Satoshi: Verity, eine erfahrene Trainerin aus Sinnoh mit einem Plinfa, und Sorrel, ein angehender Pokémon-Forscher mit einem Lucario. Sorrel teilt eine tragische Vergangenheit, in der er sein Luxtra in einem Schneesturm verlor, was ihn anfangs zögern lässt, tiefe Bindungen zu Pokémon einzugehen. Die Gruppe begegnet den legendären Pokémon Entei, Suicune und Raikou, während sie der leuchtenden Regenbogenfeder zum Schicksalsberg folgt. Sie lassen Satoshis Smettbo frei, damit es mit einem Partner ziehen kann, eine Entscheidung, die mit Trauer aber Akzeptanz getroffen wird.

Konflikt entsteht, als Cross wieder auftaucht und Satoshis Glutexo mit seinem Fuegro besiegt. Gedemütigt und frustriert äußert Satoshi Bedauern, Pikachu gewählt zu haben, und wünscht sich, er hätte Schiggy oder Bisasam genommen. Dieser Zweifel und Undankbarkeit lassen die Regenbogenfeder ihre Farbe verlieren. Das mystische Pokémon Marshadow, Hüter der Feder, versetzt Satoshi in einen traumähnlichen Zustand, in dem er in einer Welt ohne Pokémon lebt und mit Verity und Sorrel zur Schule geht. Die Erkenntnis von Pikachus Abwesenheit reißt Satoshi zurück, stellt die Farbe der Feder wieder her und führt zur Versöhnung mit Pikachu.

Am Schicksalsberg konfrontiert Cross sie erneut, auf der Suche nach Ho-Oh. Nachdem sein Fuegro von Satoshis Glurak besiegt wird, stiehlt Cross die Regenbogenfeder. Seine verdorbenen Absichten verdunkeln die Feder, was Marshadow veranlasst, nahegelegene Pokémon, darunter Cross’s Wolwerock, zu besetzen und aggressiv zu machen. Um ein geschwächtes Pikachu vor dem Angriff zu schützen, ruft Satoshi es in seinen Pokéball zurück – eine seltene Maßnahme – und wird scheinbar von Energiestößen zerstört. Als Pikachu Satoshis scheinbaren Tod miterlebt, entfesselt es einen von Trauer getriebenen Donnerblitz, der Marshadows Einfluss vertreibt und Satoshi wiederbelebt. Satoshi legt die wiederhergestellte Regenbogenfeder auf den Regenbogenfelsen und beschwört Ho-Oh. Er fordert Ho-Oh zu einem Kampf mit Pikachu heraus. Ho-Oh heilt die Gruppe, bevor es verschwindet.

Nach der Begegnung mit Ho-Oh trennen sich die Wege der Gefährten: Verity kehrt nach Hause zurück, Sorrel widmet sich der Erforschung legendärer Pokémon, und Cross zieht friedlich mit seinen Pokémon weiter. Satoshi und Pikachu setzen ihre Reise alleine fort. Eine spätere Spezialfolge, "Der ferne blaue Himmel", enthüllt mehr über Satoshis Familie: Sein Vater ist anwesend, aber sie verpassen sich oft aufgrund ihrer Reisen. Sein Vater schenkt ihm seinen ikonischen Hut. Während dieser Spezialfolge erlebt Satoshi einen unerklärlichen Moment emotionaler Verletzlichkeit, vergießt Tränen beim Essen, möglicherweise verbunden mit der Abwesenheit seines Vaters.

Satoshi