Professor Hojo, geboren 1945, übernahm nach Professor Gasts Rücktritt die Leitung von Shinras Forschungs- und Entwicklungsabteilung. Seine Karriere begann als Gasts Assistent, gemeinsam erforschten sie Mako-Energie im Shinra-Herrenhaus nahe Nibelheim. Ihre Zusammenarbeit führte 1977 zur Entdeckung extraterrestrischer Überreste im Nordkrater, fälschlich als Cetra identifiziert und in Jenova umbenannt. Hojo initiierte daraufhin gemeinsam mit Gast, Lucrecia Crescent, Hollander und Gillian Hewley das Jenova-Projekt.

Er leitete das Jenova-Projekt S gegen Hollanders Projekt G. Hojo heiratete Lucrecia Crescent, nutzte sie jedoch als Versuchsobjekt, indem er Jenova-Zellen in ihr ungeborenes Kind injizierte, um Sephiroth zu erschaffen, der zwischen 1977 und 1982 geboren wurde. Er verschleierte seine Vaterschaft; Sephiroth nannte ihn später „ein wandelndes Bündel von Komplexen“. Nach Gasts Weggang 1980 übernahm Hojo Shinras Forschungsabteilung und verschärfte seinen Konflikt mit Hollander. Er richtete eine Forschungseinrichtung unter dem Shinra-Herrenhaus ein und führte grausame Experimente durch: 1984 schoss er auf Vincent Valentine, infizierte ihn mit Chaos für Unsterblichkeit und sperrte ihn in einen Sarg ein. 1985 ermordete Hojo Gast in Icicle Inn und fing die letzte Cetra, Ifalna, sowie deren Tochter Aerith, um sie einzusperren und zu erforschen.

Während des Wutai-Kriegs und des Avalanche-Aufstands nutzte Hojo skrupellos jede Gelegenheit. Er begleitete Avalanche-Anführer Fuhito, um dessen Raben zu untersuchen und die Zirconiade-Materia in Elfe zu beobachten. Nachdem Sephiroth Nibelheim im Oktober 0002 zerstört hatte, leitete Hojo die Aufräumarbeiten. Als er die Überlebenden Zack Fair und Cloud Strife entdeckte, entwickelte er Experimente zur Reunion-Theorie, ließ sie fangen und mit Sephiroth-Zellen sowie Mako infizieren. Erfolgreiche Probanden erhielten numerische Tätowierungen; Fehlschläge wurden entsorgt. Zack widerstand dank SOLDIER-Verbesserungen, während Cloud an Mako-Vergiftung und Katatonie erkrankte. Hojo hielt beide vier Jahre lang im Keller des Shinra-Herrenhauses gefangen, bis sie flohen. 0006 genehmigte er die Gefangennahme von Red XIII aus Cosmo Canyon und bezeichnete ihn als Versuchsobjekt „Red XIII“.

Während des Jenova-Kriegs stellte Hojo wissenschaftliche Bestätigung über Ethik. Er schlug vor, Aerith mit Red XIII oder einem SOLDIER-Kandidaten zu paaren, um langlebige Versuchsobjekte zu erzeugen. Im Urlaub in Costa del Sol verhöhnte er Cloud, indem er ihn auf Sephiroths Ruf ansprach. Im Nordkrater beobachtete er Clouds psychischen Zusammenbruch mit distanzierter Faszination und bestätigte seine Reunion-Theorie. Später sabotierte er die Sister Ray-Kanone, überlastete Midgars Reaktoren, um Mako-Energie zu Sephiroth zu leiten, und ignorierte das Zerstörungsrisiko der Stadt. In dieser Zeit injizierte er sich Jenova-Zellen, um seinen Körper für die Omega-Beschwörung zu stärken, was seinen geistigen Verfall beschleunigte.

Selbstexperimente führten zu grotesken Mutationen in seinem letzten Kampf gegen Clouds Gruppe, verwandelten ihn in Helletic Hojo und Lebensform-Hojo N vor seiner Niederlage. Eine Woche post mortem lud sein neurologisches Datenfragment sich ins Worldwide Network hoch. Drei Jahre später ergriff dieses digitale Bewusstsein während des Deepground-Kriegs Weiss den Unbefleckten, befahl den Tsviets, Omega zur planetaren Energieernte zu aktivieren. Posthume Begegnungen zeigten Hojo in einem korrumpierten Lebensstrom, der sich nach der Aussage, alles Leben würde mit Jenova verschmelzen, freiwillig Sephiroth unterwarf.

In *Last Order: Final Fantasy VII* erscheint Hojo nach dem Nibelheim-Vorfall. Er trifft am Mako-Reaktor ein, nachdem Sephiroth besiegt wurde, befiehlt den Turks, Zack in den Keller des Shinra-Herrenhauses zu bringen, und identifiziert Cloud als brauchbares Versuchsobjekt – ganz seinem Muster entsprechend, Katastrophen für Forschungen auszunutzen und Leben als entbehrlich zu behandeln.

Hojo