Lupin startet den Film mit dem Diebstahl eines Diamanten bei einem Überfall in Rio de Janeiro, versteckt ihn in einer Puppe und besteigt einen Flug. Als das junge Mädchen Julia die Puppe nimmt, entbrennt seine Verfolgungsjagd, die zu einem Zusammenstoß mit ihrer Begleiterin Fujiko Mine führt – abrupt unterbrochen durch eine Flugzeugentführung, die Lupins Talent offenbart, Chaos zu seinem Vorteil zu nutzen.

Nach der Entführung wendet sich Lupin der Rettung Julias zu, als er erfährt, dass sie die Tochter von Douglas, einem reichen US-Präsidentschaftskandidaten, ist. Die Nostradamus-Sekte entführt Julia, um Douglas zum Rückzug aus der Wahl zu zwingen, wodurch Lupins Ziel sich vom Wiedererlangen des Diamanten zum Eindringen in Douglas Hochhaus-Tresor verschiebt – dem Aufbewahrungsort von Nostradamus’ Prophezeiungen, die auch die Sekte begehrt. Ein gescheiterter Einbruch zwingt Lupin, Goemon Ishikawa XIII. zu rekrutieren.

Um den retinalen Scanner des Tresors zu umgehen, lässt Lupin sich verhaften und auf der Execution Island inhaftieren, um seinen Onkel Philip zu finden – den einzigen, der den Tresor zuvor knackte. Nachdem die Sekte Philip bei einem Versuch der Gedächtnisentnahme ermordet, entdeckt Lupin Philips Glasauge und schlussfolgert, dass es den biometrischen Schutz überlistete, was sein analytisches Geschick unterstreicht.

Nach einer vorgetäuschten Todesszene während eines Gefängnisausbruchs infiltriert Lupin die Kathedralenanlage der Sekte, wo Julia gefangen und Fujiko hypnotisiert ist. Er koordiniert mit Jigen und Goemon Julias Befreiung, doch sie wird erneut gefangen genommen. Der Höhepunkt spielt sich in Douglas Hochhaus ab: Lupin nutzt das Glasauge, um den Tresor zu öffnen, holt die Prophezeiungen von Julia und überlistet Chris, den Handlanger der Sekte, der Sprengstoff zündet.

Während des Hochhaus-Einsturzes schützt Lupin Julia und sieht, wie Chris und Sektenführer Rhisley umkommen. Er sichert die Prophezeiungen, doch Julias Kritzeleien machen das Buch wertlos, woraufhin Lupin es zerstört. Julia gibt ihm den Diamanten zurück, womit sein ursprüngliches Ziel erfüllt ist – trotz des Verzichts auf den größeren Schatz. Durchgehend balanciert Lupin Eigeninteresse mit Beschützerinstinkt gegenüber Julia und beweist unerschütterliche Teamtreue, kontrastiert durch Fujikos pragmatische Distanziertheit und unerwiderte Romanze.

Lupin