Entstanden aus dem unterdrückerischen Kastensystem von Cybertron, begann Megatron als Bergarbeiter D-16. Später nahm er den Namen Megatronus an, inspiriert von einem der legendären Dreizehn Primes. Seine brutalen Erfahrungen in den Gladiatorenarenen von Kaon schmiedeten einen zentralen Glauben: Stärke allein sollte das Schicksal bestimmen. Diese Überzeugung trieb seinen revolutionären Kreuzzug gegen die korrupten Herrscher von Cybertron an. Während dieser Zeit mentorierte er Orion Pax (später Optimus Prime) und kämpfte an der Seite von Ultra Magnus, ihre Bindung gefestigt durch das Überleben in Schlachten wie dem Tarn-Hauser-Tor. Ein unheilbarer ideologischer Bruch mit seinem Mentor Alpha Trion gipfelte in Alpha Trions Ermordung. Megatron gründete daraufhin die Decepticons, um die Macht mit Gewalt an sich zu reißen.

Als der Bürgerkrieg ausbrach, eskalierte Megatrons Tyrannei. Seine Truppen erlangten die Vorherrschaft, indem sie Dark Energon einsetzten, eine korruptive Energiequelle, die trotz Warnungen vor ihrer zerstörerischen Natur von einer Orbitalstation geerntet wurde. Diese Substanz verstärkte seine physische Kraft und beschleunigte gleichzeitig seinen Abstieg in die Rücksichtslosigkeit. Während der Belagerung von Cybertron entdeckte er den lebenserhaltenden AllSpark und plante, Autobots gewaltsam zu Decepticon-Loyalisten umzuformen. Sein ehemaliger Kamerad Ultra Magnus widersetzte sich diesem Vorhaben, was zu Magnus' Inhaftierung und schließlich seiner Hinrichtung durch Megatrons Hand führte. Dieser Verrat veranlasste Verbündete wie Jetfire, zu den Autobots überzulaufen.

Nachdem der AllSpark während der Flucht der Ark verloren ging, initiierte Megatron Projekt Nemesis an Bord des Kriegsschiffs *Nemesis*. Da Cybertron ohne den AllSpark dem Untergang geweiht war, autorisierte er die Ernte von Funken lebender Cybertronianer, um das Schiff anzutreiben. Kaltblütig opferte er die gesamte Bevölkerung von Sektor 12, einschließlich des loyalen Decepticon Shamble, für ihr Energon. Gefangene Autobots ereilte dasselbe Schicksal in der Arena von Kaon. Dort konfrontierte Megatron Elita-1 und versuchte, sie durch den Verweis auf ihre gemeinsame Vergangenheit und die Kritik an Optmus' Führung zu überreden, sich ihm anzuschließen. Als sie sich weigerte und an seine einstigen Ideale appellierte, verurteilte er sie zur Hinrichtung. Ihr in letzter Sekunde gelungener Fluchtversuch, unterstützt vom Verräter Scrapface, steigerte Megatrons Brutalität nur noch.

Auf der Suche nach dem AllSpark durch den Weltraum betrat Megatron das Tote Universum, wo er seinem zukünftigen Ich, Galvatron, begegnete. Diese Entität drängte ihn, den Hass zu umarmen, um den ultimativen Sieg über Optimus Prime zu erringen. Obwohl er zunächst empfänglich war, wies Megatron Galvatrons Einfluss während eines entscheidenden Kampfes auf der prähistorischen Erde zurück, wo er die Matrix der Führung an sich riss. Die Matrix wies ihn ab und unterzog ihn albtraumhaften Visionen. Nach einem Absturz auf der Erde verbündete er sich mit Predacon Megatron, verriet jedoch letztlich Galvatron, als er von Optimus Prime konfrontiert wurde. Sein letzter Plan beinhaltete die Korrumpierung von Cybertons Kern mit Dark Energon, was vereitelt wurde, als Bumblebee den AllSpark wiederherstellte. Es folgte ein zeitweiliger Frieden, doch Megatrons Ambitionen blieben bestehen.

Seine Beziehungen prägten seinen Weg: Die Bindung zu Ultra Magnus verfiel zu bitterer Feindschaft und endete mit Magnus' Tod; seine Dynamik mit Starscream schwankte zwischen Manipulation und Verachtung; seine Rivalität mit Optimus Prime wurde zu einer alles verzehrenden Besessenheit. Megatrons physische Form war für den Krieg optimiert, wobei er am häufigsten eine Panzer-Altform für ihre zerstörerische Kraft annahm. Psychologisch betrachtet war er ein strategisches Genie, das zunehmend von Ego und Nihilismus untergraben wurde und alle Wesen – sogar seine Anhänger – als entbehrliche Instrumente für die Herrschaft betrachtete.

Megatron