Megatron führt die Decepticons als ihr oberster Anführer an und entstammt einer Linie von Militärroboter-Hardware, die von den Quintessons auf Cybertron entwickelt wurde. Nach anfänglichen Niederlagen der Decepticons gegen die Transformations-Technologie der Autobots stieg er während des Goldenen Zeitalters von Cybertron auf und entwickelte Transformationsfähigkeiten für seine Truppen. Zu seinen frühen Manövern gehörte ein heimlicher Angriff auf eine äußere cybertronische Stadt, bei dem er den regierenden Autobot-Anführer im Geheimen ermordete. Jüngere Roboter wie Orion Pax verehrten Megatron einst für seine Flugkünste. Doch später täuschte Megatron Pax und brachte ihn dazu, Energon-Lagerhäuser zu öffnen, was in einer beinahe tödlichen Verletzung von Pax während ihres Zusammenstoßes gipfelte. Der uralte Autobot Alpha Trion baute Pax zu Optimus Prime um, was ihre ewige Rivalität entfachte und den Bürgerkrieg neu entflammte.

Ursprünglich ein unterdrückter Bergarbeiter mit der Bezeichnung D-16, stieg er als Gladiatorenchampion in den Todeskämpfen von Kaon auf. Er verwarf seine frühere Identität und nahm den Namen Megatronus an – später zu Megatron verkürzt – in Anlehnung an einen legendären Prime. Zunächst kämpfte er gegen das korrupte Kasten-System von Cybertron und erklärte Freiheit zu einem universellen Recht, doch seine Ideologie verzerrte sich mit zunehmender Macht hin zur Tyrannei. Er gründete die Decepticon-Bewegung und verband intellektuelle Debatten mit strategischer Gewalt, um seine Kontrolle zu festigen. Sein ehemaliger Schüler Orion Pax, anfangs von Megatrons Rhetorik beflügelt, wandte sich als Optimus Prime gegen ihn, als er seinen tyrannischen Abstieg miterlebte.

In *Scramble City: Mobilization* entdeckt Megatron magnetische Anomalien von einer versteckten Autobot-Einrichtung. Er befiehlt Soundwave, Spione auszusenden, die Metroplex – einen Autobot-Stadtformer – im Bau enthüllen. Um ihn zu sabotieren, ordnet er aufeinanderfolgende Angriffe an: zuerst durch die Constructicons (die sich zu Devastator kombinieren), dann die Stunticons (als Menasor) und schließlich die Combaticons (als Bruticus). Während des Kampfes nutzt er die „Scramble Power“, die es Kombinierern ermöglicht, Gliedmaßen mitten im Gefecht auszutauschen. Er befiehlt dem Stunticon Wildrider, sich gewaltsam als Bein an Superion zu heften und den Autobot-Kombiner so zu verstümmeln. Die Autobots schlagen mit ihren Kombinierern zurück und aktivieren Metroplex, der sich verwandelt und die Decepticons in die Flucht schlägt. Megatrons Strategie gipfelt im Auftauchen von Trypticon als Decepticon-Stadt, doch dieses Cliffhanger-Ende bleibt ungelöst.

Über *Scramble City* hinaus ist seine Geschichte geprägt von unerbittlichen Konfrontationen mit Optimus Prime in verschiedenen Kontinuitäten. Er stirbt wiederholt durch Primes Hand, nur um wieder aufzuerstehen – oft als Galvatron – durch Allianzen mit Wesen wie Unicron. Dieser Zyklus wiederholt sich in verschiedenen Zeitlinien, obwohl Galvatron manchmal unabhängig existiert. Seine alternativen Modi umfassen eine Walther P38-Pistole, Panzer, Jets und Partikelstrahlkanonen, je nach Kontinuität. In späteren Kriegen setzt er Dark Energon (Unicrons Essenz) ein, um den Kern von Cybertron zu korrumpieren, strebt nach planetarer Vorherrschaft und jagt Optimus Prime durch die Galaxie. Seine Methoden reichen von Völkermord an Neutralen über politische Täuschung bis hin zu psychologischer Folter und verkörpern seine Hingabe an die Eroberung durch absolute Skrupellosigkeit.

Megatron