John Smith ist ein hochrangiger Agent von Schwartz, der darauf spezialisiert ist, alte Technologie für undurchsichtige Ziele auszunutzen. Sein Name ist ein Alias, der die geheimen Operationen, die Größe und die Befehlsstruktur der Organisation schützt.

Im Prequel tritt er als öffentliches Gesicht von Schwartz auf und koordiniert die Bemühungen, Sifr Fran aus der Windbloom-Königslinie zu fangen. Schwartz will ihre einzigartige Fähigkeit nutzen, verlorene Technologie zu aktivieren, was einen globalen Konflikt entfachen könnte. Er arbeitet mit Nagi zusammen, einer Schlüsselfigur in späteren Ereignissen, und wird von Kiddo unterstützt, einem jungen, unberechenbaren und fanatischen Schwartz-Mitglied, das ausdrücklich als sein Nachfolger für den "John Smith"-Alias bestimmt ist.

John Smith organisiert später einen Großangriff und verwandelt den Fuuka-Palast in eine mobile Festung. Er setzt sie während der Abschlussfeier der Garderobe Academy ein und übernimmt die Kontrolle über Nagis Vint Bloom-Luftschiffflotte. Nach dieser Invasion wird er Nagis Assistent.

Seine Geschichte endet im darauffolgenden Konflikt. Unter Nagis Befehl versucht er, Sergei Wong zu erschießen, als dieser das Valkyrie-System deaktivieren will. Dies löst eine tödliche Gegenreaktion von Sergei aus, die John Smiths Tod zur Folge hat. Kiddo erbt seine Position und seinen Alias bei Schwartz und sichert so den Fortbestand der Organisation.

John Smith