Satoshi's Pikachu reist mit seinem Trainer zur Neuen Insel, um einer Einladung zum Kampf gegen den größten Pokémon-Trainer der Welt zu folgen. Unterwegs hilft Pikachu Ash und seinen Freunden, die stürmischen Meere zu navigieren, die Mewtwo erschafft, um ihren Weg zu blockieren.

Auf der Insel angekommen, sieht Pikachu, wie Mewtwo die Trainer mit geklonten Pokémon herausfordert. Nachdem Mewtwos Klone die Herausforderer besiegt haben, wird Pikachu zusammen mit anderen Pokémon gefangen genommen, um geklont zu werden. Ash verfolgt Pikachu bis zum Klonlabor, wo auch Team Rockets Mauzi geklont wird, und zerstört die Maschinen, wodurch Pikachu und die anderen befreit werden.

Pikachu führt die befreiten Pokémon an, um Mewtwo und seine Klone zu konfrontieren. Als Mewtwo Mew gegen die Klone antreten lässt, um seine Überlegenheit zu beweisen, kämpfen alle originalen Pokémon gegen ihre Duplikate – außer Pikachu und Mauzi. Pikachu weigert sich, gegen seinen Klon zu kämpfen, und widersetzt sich damit Mewtwos inszeniertem Konflikt. Mauzi versöhnt sich ebenfalls mit seinem Klon und erkennt die Sinnlosigkeit ihres Kampfes.

Während des heftigen Psycho-Kampfes zwischen Mewtwo und Mew greift Ash ein und wird versteinert. Pikachu versucht verzweifelt, Ash mit Elektro-Attacken wiederzubeleben, doch es gelingt nicht. Voller Trauer weint Pikachu zusammen mit den anderen Pokémon – sowohl Originalen als auch Klonen. Ihre gemeinsamen Tränen heilen Ash und beleben ihn wieder, was die tiefe emotionale Bindung zwischen Pokémon und Trainern demonstriert.

Mewtwo ist zutiefst bewegt, als er Ashs Opfer und den Ausbruch von Mitgefühl miterlebt. Diese Erfahrung verändert seine Sicht auf das Leben und seinen Zweck. Mewtwo verlässt anschließend mit Mew und den Klonen die Insel und löscht die Erinnerungen aller Beteiligten. Pikachus Widerstand und Handlungen tragen zu Mewtwos Erkenntnis bei, dass Individuen nach ihren Entscheidungen und nicht nach ihrer Herkunft beurteilt werden sollten.

Satoshi’s Pikachu