In Digimon Adventure -BEYOND- bleibt Agumon der Partner-Digimon von Taichi "Tai" Kamiya bis in ihre Erwachsenenjahre. Die Geschichte entfaltet sich an mehreren Zeitpunkten der Zeitlinie, angesiedelt zwischen den Ereignissen von Digimon Adventure tri. und Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, zwischen Kizuna und Digimon Adventure 02: The Beginning, sowie nach The Beginning.

Während einer Reise fahren Agumon und Gabumon im Kofferraum eines Autos zusammen mit Tai, Yamato "Matt" Ishida, Cody Hida, Armadillomon, einem Jungen und seinem Partner Kyaromon. Als sie eine nahende Bedrohung spüren, entdecken Agumon und Gabumon den feindlichen Digimon Crowmon. Sie digivoluieren zu Greymon und Garurumon, um sich diesem Gegner zu stellen und zu bekämpfen.

In Momenten der Reflexion erinnern sich Agumon und Tai daran, dass ihre Kämpfe niemals wirklich enden. Agumon erkennt diesen immerwährenden Konflikt an und gemeinsam beschließen sie, weiterzukämpfen, solange die Menschen an sie glauben. Diese Entschlossenheit führt dazu, dass Agumon und Gabumon zu WarGreymon und MetalGarurumon warp-digivoluieren und dann in den Nachthimmel aufsteigen.

Agumon und die anderen DigiDestined bestreiten auch verschiedene Kämpfe gegen nicht näher bezeichnete Feinde und Entitäten an verschiedenen Orten und zu verschiedenen Zeiten.

Agumon