Koji Kabuto steuert den Mazinkaiser gegen die Oberflächeninvasion des Mykene-Imperiums. Seine Verbindung zu Dr. Juzo Kabuto verankert diesen Konflikt, da Dr. Kabutos Forschung über Photonenenergie und das Vermächtnis des Mazinkaiser die primäre Verteidigung der Menschheit gegen unterirdische Bedrohungen darstellen. Während seiner Rückkehr zum Photonenkraft-Labor wurde Koji Zeuge, wie Lori und Loru sich opferten, um General Birdler und die Mikelos während eines Angriffs zu vernichten. Dieser Verlust ließ ihn trauernd und machtlos neben anderen Überlebenden zurück.

Als die Generäle von Mykene weltweit Städte angriffen, überlebten Koji, Sayaka Yumi und Dr. Morimori einen Flugzeugabsturz und suchten Zuflucht in einer Militärbasis. Dr. Morimori erläuterte die Bedrohung durch den Großen General der Finsternis und die Ursprünge des Mykene-Imperiums, wobei er den Krieg durch Dr. Kabutos frühere Entdeckungen darstellte. Erzherzog Gorgon griff die Basis an, um Koji zu töten, was Dr. Morimori dazu veranlasste, sich selbst zu opfern und General Ligern sowie mehrere Kriegerbestien zu vernichten, obwohl Gorgon entkam.

Koji und Sayaka flohen daraufhin Richtung Japan. Nachdem ihr Jet versagte, reisten sie mit Motorrad und Lkw, bis Gorgon ihnen auflauerte. Der Angriff zerstörte ihr Motorrad und verletzte Sayaka. Koji verteidigte sie mit einer Photonenpistole und fügte Gorgon schwere Verletzungen zu, bevor Boss Borot eingriff und ihn besiegte. Sayaka blieb bei einem Lkw-Fahrer namens Riki, während Boss Borot Koji zum zerstörten Photonenkraft-Labor brachte.

Koji glaubte zunächst, der Mazinkaiser sei zerstört, erfuhr jedoch, dass er im Orbit nachgerüstet worden war. Boss Borot enthüllte den versteckten Kaiser Pilder in sich selbst, lockte die angreifenden Mykene-Truppen unter Dantes Führung in eine Ablenkung und ermöglichte Koji die Flucht im Pilder. Boss Borot kam bei diesem Manöver ums Leben. Der Mazinkaiser wurde aus der Satellitenumhüllung eingesetzt, und Koji koppelte ihn während des Abstiegs zur Erde an.

Mit dem Mazinkaiser als Kommandant vernichtete Koji die verbliebenen Kriegerbestien und Generäle. Er verfolgte General Draydou mit dem Kaiser Scrander und vernichtete ihn mit dem Fire Blaster. Der Große General der Finsternis griff ein und stürzte die Demonika in die Nähe des Mazinkaiser am Berg Fuji. Koji konterte, indem er den Kaiser Scrander warf, um die Demonika zu zerstören.

Im letzten Duell waren beide Kämpfer ebenbürtig, bis Koji Rocket Punches einsetzte, um seinen Gegner zu entwaffnen. Indem er die Namen von Lori, Loru und Dr. Morimori – Opfer der Gewalt von Mykene – beschwor, überwältigte Koji den Großen General, warf ihn in einen Krater und spießte ihn mit seinem eigenen Schwert auf.

Nach dem Sieg nahm Koji an einer Gedenkfeier für die Gefallenen teil und überwachte die Reparaturen am Labor und am Berg Fuji. Der Mazinkaiser barg später den beschädigten Great Mazinger, was eine dauerhafte Allianz mit seinen Piloten Tetsuya und Jun symbolisierte.

Koji Kabuto