Kojirô steht als zentraler Protagonist im Mittelpunkt der Fuma no Kojirou-Erzählung. Als Mitglied des Fuma-Ninja-Clans, der historisch mit Japans Hojo-Clan während der Sengoku-Zeit verbunden war, operieren die Fuma in der Moderne im Verborgenen.

Die Hakuo-Akademie verfällt, als die rivalisierende Schule Seishikan ihre besten Schüler abwirbt. Die kommissarische Schulleiterin Himeko Hojo, Enkelin des ehemaligen Hakuo-Leiters, bittet den Fuma-Clan um Hilfe. Ranko Yagyu überbringt die Botschaft, woraufhin der Fuma-Anführer Kojirô nach Hakuo entsendet. Dort gerät er in Konflikt mit dem Yasha-Clan – den uralten Rivalen der Fuma, die Seishikan unterstützen – und entfacht einen seit fünf Jahrhunderten schwelenden Ninja-Krieg neu. Nach und nach greifen auch Kojirôs Clanmitglieder in den Kampf ein.

In frühen Gefechten mit den Yasha erfährt Kojirô, dass sein Schwert, Fuurin Kazan, eines von zehn mythischen Heiligen Schwertern ist. Der Yasha-Anführer Musashi Asuka führt ein weiteres, Ougonken. Ihr Auftauchen zieht Chaos an, eine Gruppe, die alle zehn Schwerter sammelt, um ihrem Anführer, dem Chaos-Kaiser, ultimative Macht zu verleihen. Nachdem die Fuma die Yasha besiegen, vernichtet Chaos das Fuma-Dorf und tötet den Clan-Anführer.

Dieses Massaker stürzt Kojirô in den Heiligen Schwert-Krieg zwischen den Mächten von Cosmo und Chaos. Auf der Suche nach Rache und im Kampf gegen Chaos verbündet er sich widerwillig mit seinem ehemaligen Feind Musashi Asuka. Gemeinsam schließen sie sich anderen Trägern der Heiligen Schwerter an: dem Fuma-Krieger Ryouma (Seiranken), Soushi Date (Gurenken) und Sigma (Byakurouken), einem uralten Krieger, der 4000 Jahre lang versiegelt war. Kojirô bekämpft die Chaos-Krieger Nero (Raikouken), Oz (Jyujiken), Jackal (Shikouken), Shura (Genmu Hishouken) und den Chaos-Kaiser (Houou Tenbu) im „Heiligen Land, wo die Schwerter geschmiedet wurden“ – das sich als der Mond entpuppt.

Während des Krieges wird Kojirô mit unvorstellbarem Blutvergießen konfrontiert und erkennt, dass der Konflikt Teil von Saṃsāra ist, einem zyklischen kosmischen Kampf, der von Karma und Reinkarnation über Jahrtausende bestimmt wird. Diese Erkenntnis und die sinnlose Gewalt verändern seine Sichtweise. Er verurteilt die endlose Gewalt und zerstört am Ende des Krieges alle zehn Heiligen Schwerter, um künftige Konflikte zu verhindern – und widersetzt sich damit ihrem vorbestimmten Schicksal.

Nach dem Krieg verschwinden Kojirô und Ryouma für drei Monate. In ihrer Abwesenheit rebelliert die Fraktion des „Neuen Fuma-Clans“ (Shinsei Fuma) unter Shimon, der mächtige Gedankenkontrolle ausübt, unterstützt von den Kriegern Muma und Raizou. Die loyalen Überreste der Fuma – Kirikaze, Shouryuu und Ryuho – leisten Widerstand, bis Kojirô und Ryouma zurückkehren. Kojirô führt die Loyalisten gegen den Neuen Clan und stellt sich Shimon entgegen, um die Zerstörung des Clans in einem Bürgerkrieg zu verhindern, der beinahe viele Mitglieder auslöscht.

Jahre später trainiert Kojirô die nächste Fuma-Generation. Sein Frieden zerbricht, als die Gruppe Karma unter der Führung der „Vier Schwertkönige“ den Yagyu-Clan ins Visier nimmt. Ranko Yagyu, die einst die Hilfe der Fuma erbat, gerät in Gefahr. Kojirô greift erneut ein, um sie zu verteidigen, und stellt sich dem Söldner Soushi Date sowie wiederbelebten ehemaligen Fuma-Kriegern, die von Karma gegen ihn aufgehetzt wurden.

Kojirô