Nachdem Sora erfahren hat, dass er das Schlüsselschwert nicht mehr nutzen kann, ohne der Organisation XIII entgegen zukommen, findet er sich, zusammen mit Donald und Goofy, nachdem Malefiz sie rettete, in einer ihnen fremden Welt wieder. Doch auch hier herrschte eine Jagd nach dem reinsten Herz aller Herzen...