"Tokyo Mew Mew a la Mode" ist eine zweiteilige Manga-Serie, die als Fortsetzung der ursprünglichen "Tokyo Mew Mew"-Reihe fungiert. Die Handlung spielt einige Zeit nach den Ereignissen des ersten Mangas und führt neue Protagonisten ein, während gleichzeitig Verbindungen zur ursprünglichen Geschichte bestehen bleiben.

Die Geschichte dreht sich um Berry Shirayuki, ein junges Mädchen, das sich als neue Mew Mew-Kriegerin herausstellt. Berry wird mit der DNA des gefährdeten Quaggamuscheltiers fusioniert und erhält dadurch übernatürliche Fähigkeiten. Sie schließt sich den Mew Mews an, einer Gruppe von Mädchen, die mit der DNA seltener Tiere verschmolzen sind, um die Erde vor den Chimera-Animas zu schützen, bösen Kreaturen, die von den mysteriösen Aliens, den Deep Blue, geschaffen wurden. Berry übernimmt die Rolle der Anführerin, da die ursprünglichen Mew Mews sich zurückgezogen haben oder mit anderen Aufgaben beschäftigt sind.

Im Laufe der Serie wird Berry von ihrer neuen Verantwortung und den Herausforderungen des Kampfes gegen die Chimera-Animas auf die Probe gestellt. Sie trifft auf neue Verbündete, darunter Masha, ein mysteriöses Mädchen, das eine Schlüsselrolle in der Geschichte spielt. Masha scheint eine Verbindung zu den Deep Blue zu haben, und ihre wahren Absichten bleiben lange Zeit unklar. Berry muss nicht nur gegen äußere Bedrohungen kämpfen, sondern auch ihre eigenen Zweifel und Ängste überwinden, um ihre Rolle als Beschützerin der Erde zu erfüllen.

Die Handlung vertieft sich in die Hintergründe der Deep Blue und ihre Motivation, die Erde zu erobern. Es wird offenbart, dass ihre Handlungen von einer tiefen Sehnsucht nach einem neuen Zuhause getrieben sind, da ihr eigener Planet unbewohnbar geworden ist. Diese moralische Komplexität fügt der Geschichte eine zusätzliche Ebene hinzu, da die Mew Mews nicht nur gegen die Bedrohung kämpfen, sondern auch versuchen, eine friedliche Lösung zu finden.

Die Charakterentwicklung konzentriert sich stark auf Berry, die im Laufe der Serie reift und lernt, Verantwortung zu übernehmen. Gleichzeitig spielen die ursprünglichen Mew Mews, insbesondere Ichigo Momomiya, eine unterstützende Rolle, indem sie Berry Ratschläge geben und ihr bei schwierigen Entscheidungen zur Seite stehen. Die Dynamik zwischen den neuen und alten Charakteren schafft eine Brücke zwischen den beiden Serien und bietet Fans der ursprünglichen Geschichte eine vertraute Verbindung.

Die Serie endet mit einer Konfrontation zwischen den Mew Mews und den Deep Blue, bei der Berry und ihre Freunde versuchen, eine friedliche Lösung zu finden, um den Konflikt zu beenden. Die Handlung betont Themen wie Zusammenarbeit, Verantwortung und die Suche nach Harmonie zwischen verschiedenen Lebensformen.