"Jacaranda (Manga)" erzählt die Geschichte einer dystopischen Welt, in der die Menschheit von einer mysteriösen Krankheit bedroht wird, die als "Jacaranda-Syndrom" bekannt ist. Diese Krankheit führt dazu, dass die Betroffenen langsam ihre Erinnerungen verlieren und schließlich in einen vegetativen Zustand verfallen. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer postapokalyptischen Stadt leben und versuchen, das Rätsel der Krankheit zu lösen und ein Heilmittel zu finden.

Die Protagonistin, eine junge Frau namens Aoi, ist eine der wenigen, die gegen das Syndrom immun zu sein scheint. Sie schließt sich einer Gruppe von Wissenschaftlern und Kämpfern an, die in den Ruinen der Stadt nach Antworten suchen. Unter den Mitgliedern der Gruppe befindet sich auch ein ehemaliger Soldat namens Ren, der seine eigenen Motive hat, das Syndrom zu bekämpfen, sowie eine mysteriöse Figur namens Yuki, die über verborgene Kenntnisse über die Krankheit verfügt.

Im Laufe der Geschichte wird enthüllt, dass das Jacaranda-Syndrom möglicherweise mit einem geheimen Regierungsprojekt zusammenhängt, das vor Jahren durchgeführt wurde. Die Gruppe stößt auf Hinweise, die auf eine Verbindung zwischen dem Syndrom und einer seltenen Pflanze, der Jacaranda, hindeuten. Diese Pflanze scheint eine Schlüsselrolle in der Entstehung und möglichen Heilung der Krankheit zu spielen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Rückblenden, die die Vergangenheit der Charaktere und die Ursprünge des Syndroms beleuchten. Dabei werden moralische Dilemmata und ethische Fragen im Umgang mit der Krankheit und den Überlebenden thematisiert. Die Gruppe muss nicht nur gegen die Bedrohung durch das Syndrom kämpfen, sondern auch gegen rivalisierende Fraktionen, die ihre eigenen Pläne mit dem möglichen Heilmittel verfolgen.

Die Dynamik zwischen den Charakteren wird durch ihre unterschiedlichen Hintergründe und Motivationen geprägt, was zu Spannungen und Konflikten innerhalb der Gruppe führt. Aoi muss sich nicht nur mit den äußeren Gefahren auseinandersetzen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Kämpfen und der Frage, ob sie bereit ist, die notwendigen Opfer zu bringen, um die Menschheit zu retten.

Die Handlung erreicht ihren Höhepunkt, als die Gruppe das Labor entdeckt, in dem das ursprüngliche Experiment durchgeführt wurde, und mit der schockierenden Wahrheit über die Natur des Syndroms konfrontiert wird. Die Entscheidungen, die sie treffen, haben weitreichende Konsequenzen für die Zukunft der Menschheit und führen zu einem dramatischen Finale, das offene Fragen und Möglichkeiten für weitere Entwicklungen lässt.