"Accel World (Manga)" spielt in einer nahen Zukunft, in der die Technologie so weit fortgeschritten ist, dass virtuelle Realitäten und neuronale Schnittstellen alltäglich geworden sind. Die Handlung dreht sich um Haruyuki Arita, einen übergewichtigen und gemobbten Mittelschüler, der in der realen Welt wenig Selbstvertrauen besitzt. In der virtuellen Welt findet er jedoch Trost und Flucht, wo er sich als talentierter Spieler erweist. Eines Tages wird er von Kuroyukihime, einer beliebten und mysteriösen Mitschülerin, in ein geheimes Programm namens "Brain Burst" eingeführt. Dieses Programm ermöglicht es den Nutzern, ihre Wahrnehmung der Zeit zu beschleunigen, indem sie ihre Gehirnaktivität maximieren.

Haruyuki erhält durch Brain Burst den Avatar "Silver Crow", mit dem er in einem virtuellen Kampfspiel namens "Accel Assault" antritt. Die Spieler, die als "Burst Linker" bezeichnet werden, kämpfen um Punkte, die sie durch Siege erlangen. Diese Punkte können verwendet werden, um ihre Avatare zu verbessern oder die Zeitbeschleunigung im Alltag zu nutzen. Kuroyukihime, die den Avatar "Black Lotus" besitzt, hat jedoch ein größeres Ziel: Sie möchte die höchste Stufe des Spiels erreichen, um das Geheimnis hinter Brain Burst zu enthüllen und seine Schöpfer zu konfrontieren.

Im Laufe der Geschichte wird Haruyuki in eine komplexe Welt von Intrigen, Allianzen und Konflikten hineingezogen. Er trifft auf andere Burst Linker, die ihre eigenen Motive und Hintergründe haben, darunter Freunde wie Chiyuri Kurashima und Takumu Mayuzumi, aber auch gefährliche Gegner wie die "Kings", die mächtigsten Spieler des Spiels. Haruyuki muss nicht nur seine Fähigkeiten als Spieler verbessern, sondern auch lernen, mit seinen Ängsten und Unsicherheiten umzugehen, um seine Freunde zu schützen und die Geheimnisse von Brain Burst zu lüften.

Die Handlung kombiniert Elemente von Science-Fiction, Action und Charakterentwicklung, wobei die Beziehungen zwischen den Figuren und ihre persönlichen Herausforderungen im Mittelpunkt stehen. Die virtuelle Welt von Accel Assault bietet eine dynamische Kulisse für intensive Kämpfe und strategische Auseinandersetzungen, während die reale Welt die emotionalen und sozialen Konflikte der Charaktere widerspiegelt.