"Rurouni Kenshin: Restoration" ist eine Neuerzählung des klassischen Mangas "Rurouni Kenshin" von Nobuhiro Watsuki. Die Handlung spielt in der Meiji-Zeit Japans und konzentriert sich auf den ehemaligen Samurai Kenshin Himura, der einst als gefürchteter Auftragsmörder unter dem Namen "Hitokiri Battōsai" bekannt war. Nach dem Ende des Bakumatsu-Krieges schwört Kenshin der Gewalt ab und beschließt, ein wandernder Schwertkämpfer zu werden, der den Schwachen hilft, um seine vergangenen Sünden zu sühnen.

Die Geschichte beginnt in Tokio, wo Kenshin auf Kaoru Kamiya trifft, die eine Kendo-Schule leitet. Kaoru wird fälschlicherweise beschuldigt, als Mörderin unter dem Namen "Battōsai" aufzutreten, und Kenshin greift ein, um ihren Namen zu reinigen. Dabei offenbart er seine wahre Identität und beschließt, vorübergehend in Kaorus Dojo zu bleiben. Im Laufe der Handlung trifft Kenshin auf verschiedene Charaktere, darunter den jungen Straßenkämpfer Yahiko Myōjin, der sich ihm anschließt, und den Arzt Megumi Takani, die vor ihrer dunklen Vergangenheit flieht.

Ein zentraler Konflikt der Serie ist die Konfrontation mit Kenshins Vergangenheit. Sein ehemaliger Verbündeter, der skrupellose Geschäftsmann Takeda Kanryū, versucht, Megumi zu zwingen, ein tödliches Opium namens "Chinpō" herzustellen. Kenshin und seine Freunde müssen sich gegen Kanryū und seine Handlanger zur Wehr setzen, um Megumi zu retten. Später taucht ein weiterer Gegner aus Kenshins Vergangenheit auf: der rücksichtslose Sōjirō Seta, ein junger Schwertkämpfer, der von Kenshins altem Feind, Shishio Makoto, geschickt wird. Shishio, ein ehemaliger Regierungsauftragsmörder, plant, die neue Meiji-Regierung zu stürzen, und sieht Kenshin als Hindernis auf seinem Weg.

Die Handlung verbindet actionreiche Schwertkämpfe mit tiefgreifenden moralischen Fragen über Schuld, Vergebung und den Wandel der Gesellschaft. Kenshin kämpft nicht nur gegen äußere Feinde, sondern auch gegen seine innere Zerrissenheit, da er versucht, seine gewalttätige Vergangenheit mit seinem neuen Leben in Einklang zu bringen. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, wobei Kenshins Beziehungen zu Kaoru, Yahiko und anderen eine zentrale Rolle spielen. Die Serie endet mit einem offenen Ausblick auf Kenshins fortwährende Reise, während er weiterhin für Gerechtigkeit und Frieden kämpft.