"Zone-00" ist eine Manga-Serie, die eine komplexe Handlung mit übernatürlichen und mythologischen Elementen verbindet. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der Menschen und Dämonen, sogenannte "Youkai", koexistieren, jedoch oft in Konflikt geraten. Der Protagonist, Kujuro Kazuya, ist ein junger Mann, der übernatürliche Kräfte besitzt und in der Lage ist, Dämonen zu beschwören. Er wird in eine Reihe von Ereignissen verwickelt, die ihn mit verschiedenen Fraktionen und Charakteren konfrontieren, darunter die Organisation "Shikigami", die sich der Kontrolle und Neutralisierung von Dämonen widmet.

Kujuro trifft auf seinen ehemaligen Freund, Shima Ryou, der sich von einem menschlichen Verbündeten zu einem mächtigen Dämonenführer entwickelt hat. Ihre Beziehung ist von Vergangenheit, Loyalität und Rivalität geprägt, was die Handlung emotional und konfliktreich gestaltet. Shima strebt danach, die Grenze zwischen der menschlichen und der dämonischen Welt zu verwischen, was zu einer Bedrohung für beide Welten wird. Kujuro muss sich entscheiden, ob er Shima aufhalten oder ihm helfen soll, während er gleichzeitig seine eigenen Kräfte und seine Identität versteht.

Die Handlung ist geprägt von Kämpfen, politischen Intrigen und der Erforschung von Themen wie Freundschaft, Verrat und der Natur von Gut und Böse. Neben Kujuro und Shima gibt es eine Vielzahl von Nebencharakteren, darunter Mitglieder der Shikigami-Organisation, Dämonen und andere übernatürliche Wesen, die die Handlung bereichern. Die Serie kombiniert Action, Drama und mystische Elemente, während sie eine dichte Welt mit detaillierten Hintergründen und Mythologien aufbaut. Die Erzählung ist oft nicht linear, mit Rückblenden und parallelen Handlungssträngen, die die Vergangenheit der Charaktere und die Ursprünge der Konflikte beleuchten.