"Project A-Ko (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Anime, die in einer futuristischen Welt spielt. Die Handlung dreht sich um A-Ko, ein energiegeladenes und übermenschlich starkes Mädchen, das in der Stadt Graviton City lebt. A-Ko ist die Tochter eines ehemaligen Weltraumhelden und besitzt außergewöhnliche Kräfte, die sie jedoch oft unbedacht einsetzt. Ihre beste Freundin C-Ko ist ein eher naives und kindliches Mädchen, das ständig in Schwierigkeiten gerät und A-Kos Schutz benötigt.

Die Geschichte beginnt mit dem Alltagsleben der beiden Freundinnen, das jedoch durch die Ankunft eines riesigen Raumschiffs gestört wird. Dieses Schiff gehört der reichen und arroganten B-Ko, die in die Schule von A-Ko und C-Ko wechselt. B-Ko entwickelt schnell eine obsessive Zuneigung zu C-Ko und versucht, sie mit allen Mitteln für sich zu gewinnen. Dies führt zu einem erbitterten Rivalitätskampf zwischen A-Ko und B-Ko, der sich in zahlreichen Kämpfen und Auseinandersetzungen entlädt.

Parallel dazu wird die Stadt von einer außerirdischen Bedrohung heimgesucht, die mit A-Kos Vergangenheit verbunden ist. Die Aliens, angeführt von der mysteriösen Commander D, haben es auf C-Ko abgesehen, da sie eine Schlüsselrolle in einem größeren kosmischen Plan spielt. A-Ko muss nicht nur B-Ko in Schach halten, sondern auch die Alien-Invasion abwehren, um ihre Freundin zu schützen.

Die Handlung ist geprägt von humorvollen und überzeichneten Szenen, die oft Genre-Klischees parodieren. A-Kos übermenschliche Stärke und B-Kos technologische Erfindungen sorgen für spektakuläre und absurde Kämpfe, während C-Kos Unschuld und Naivität für komische Momente sorgen. Die Geschichte verbindet Elemente aus Science-Fiction, Action und Comedy zu einer unterhaltsamen und temporeichen Erzählung.