Die Manga-Serie "Macross" basiert auf der gleichnamigen Anime-Serie und spielt in einer Zukunft, in der die Menschheit mit außerirdischen Zivilisationen in Konflikt gerät. Die Handlung beginnt im Jahr 1999, als ein außerirdisches Raumschiff auf der Erde abstürzt. Die Menschheit nutzt die Technologie des Schiffes, um fortgeschrittene Waffen und Verwandlungsmechanismen zu entwickeln, darunter die sogenannten Valkyrie-Kampfjets, die sich in humanoide Roboter verwandeln können. Diese Technologie wird entscheidend, als die Erde Jahrzehnte später von den Zentradi, einer kriegerischen außerirdischen Rasse, angegriffen wird.

Die Geschichte konzentriert sich auf die Besatzung des Raumschiffs SDF-1 Macross, das aus den Überresten des abgestürzten außerirdischen Schiffes gebaut wurde. Während des Angriffs der Zentradi wird das Schiff versehentlich in den Weltraum teleportiert, zusammen mit einer großen Anzahl von Zivilisten. Die Besatzung, darunter der junge Pilot Hikaru Ichijyo, die erfahrene Offizierin Misa Hayase und die Popstar Lynn Minmay, muss nicht nur gegen die Zentradi kämpfen, sondern auch das Überleben der Zivilisten an Bord sichern.

Im Laufe der Serie entwickelt sich eine komplexe Dreiecksbeziehung zwischen Hikaru, Misa und Minmay, die durch die Herausforderungen des Krieges und die Isolation im Weltraum noch verstärkt wird. Gleichzeitig wird die Kultur der Menschheit, insbesondere die Musik, zu einem zentralen Element der Handlung. Die Lieder von Lynn Minmay spielen eine entscheidende Rolle im Kampf gegen die Zentradi, da diese keine kulturellen oder emotionalen Ausdrucksformen kennen und dadurch verwundbar werden.

Die Zentradi selbst werden nicht nur als Feinde dargestellt, sondern auch als Wesen, die durch den Kontakt mit der menschlichen Kultur eine Transformation durchlaufen. Einige von ihnen, wie die Pilotin Milia Fallyna, schließen sich schließlich den Menschen an, während andere weiterhin gegen sie kämpfen. Die Serie thematisiert die Konflikte zwischen verschiedenen Kulturen, die Bedeutung von Verständnis und Kommunikation sowie die Auswirkungen von Krieg auf Individuen und Gesellschaften.

Die Handlung gipfelt in einer entscheidenden Schlacht, in der die Macross-Besatzung versucht, die Zentradi davon zu überzeugen, dass Koexistenz möglich ist. Durch die Kraft der Musik und die Entschlossenheit der Charaktere gelingt es schließlich, einen Frieden zu schließen, der jedoch fragil bleibt. Die Serie endet mit einem offenen Ausblick auf die Zukunft der Menschheit und ihrer Beziehungen zu anderen Zivilisationen im Universum.