"Fafner: Dead Aggressor" spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit gegen eine mysteriöse außerirdische Bedrohung namens Festum kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf die Insel Tatsumiyajima, eine der letzten verbliebenen menschlichen Siedlungen, die durch einen Schutzschild vor den Festum geschützt wird. Die Bewohner der Insel haben eine geheime Militäreinheit namens "Fafner" entwickelt, riesige humanoide Kampfmaschinen, die von jungen Piloten gesteuert werden, um die Festum abzuwehren.

Die Geschichte beginnt mit Kazuki Makabe, einem scheinbar gewöhnlichen Teenager, der auf der Insel lebt. Als die Festum die Insel angreifen, wird Kazuki gezwungen, den Fafner "Mark Elf" zu steuern, um seine Heimat zu verteidigen. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Festum nicht nur physische Feinde sind, sondern auch eine existenzielle Bedrohung darstellen, da sie die Fähigkeit besitzen, das Bewusstsein und die Erinnerungen ihrer Opfer zu assimilieren. Dies führt zu komplexen moralischen und philosophischen Fragen über Identität, Menschlichkeit und den Preis des Überlebens.

Neben Kazuki spielen auch andere junge Piloten eine zentrale Rolle, darunter Soushi Minashiro, Kazukis bester Freund und der strategische Kopf der Fafner-Einheit, sowie Maya Tōmi, eine talentierte Pilotin, die mit ihren eigenen inneren Konflikten kämpft. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind eng mit der Handlung verwoben, da sie nicht nur gegen die Festum kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen Ängsten, Verlusten und der Frage, was es bedeutet, Mensch zu sein.

Die Serie erkundet auch die Hintergründe der Festum und ihre Verbindung zur Menschheit. Es wird offenbart, dass die Festum ursprünglich von Menschen geschaffen wurden, was die Grenzen zwischen Freund und Feind verschwimmen lässt. Die Handlung entwickelt sich zu einer komplexen Erzählung über Verrat, Opferbereitschaft und die Suche nach einer friedlichen Koexistenz.

"Fafner: Dead Aggressor" verbindet actionreiche Kampfszenen mit tiefgründigen Themen und einer emotionalen Charakterentwicklung. Die Serie zeichnet sich durch ihre dichte Atmosphäre und die moralischen Dilemmata aus, mit denen die Protagonisten konfrontiert werden, während sie um das Überleben der Menschheit kämpfen.