"Unser letzter Kreuzzug oder der Aufstieg einer neuen Welt: Secret File" spielt in einer Welt, die durch einen langjährigen Konflikt zwischen dem wissenschaftlich fortschrittlichen Nebulis-Imperium und dem astralmagischen Kaiserreich geprägt ist. Die Handlung konzentriert sich auf die beiden Protagonisten Iska und Alice, die auf entgegengesetzten Seiten des Krieges stehen. Iska ist ein junger Soldat des Nebulis-Imperiums, der als "Unbesiegbarer" bekannt ist und nach einem Weg sucht, den Krieg zu beenden. Alice ist die Prinzessin des Kaiserreichs und eine mächtige Astralmagierin, die ebenfalls den Konflikt beenden möchte, jedoch aus einer anderen Perspektive.

Die Geschichte beginnt mit einer Begegnung zwischen Iska und Alice, die sich inmitten eines Gefechts zufällig treffen. Trotz ihrer gegensätzlichen Loyalitäten entwickeln sie eine unerwartete Verbindung und beginnen, die Absurdität des Krieges und die Möglichkeit eines friedlichen Zusammenlebens zu hinterfragen. Im Laufe der Handlung arbeiten sie sowohl offen als auch im Geheimen zusammen, um die wahren Ursachen des Konflikts aufzudecken und eine Lösung zu finden. Dabei stoßen sie auf politische Intrigen, versteckte Mächte und die dunklen Geheimnisse beider Reiche.

Neben Iska und Alice spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Jhin, Iskas loyaler Freund und Mitstreiter, sowie Sisbell, Alices jüngere Schwester, die ebenfalls in die politischen Machenschaften des Kaiserreichs verwickelt ist. Die Handlung verbindet Action, politische Intrigen und emotionale Momente, während sie die Themen von Schicksal, Loyalität und der Suche nach Frieden in einer zerrissenen Welt erforscht. Die Serie bietet eine Mischung aus Kämpfen, strategischen Manövern und zwischenmenschlichen Beziehungen, die die Komplexität des Konflikts und die Entwicklung der Charaktere verdeutlichen.