"Failure Frame (Manga)" erzählt die Geschichte einer Gruppe von Schülern, die durch einen mysteriösen Prozess in eine fantastische Welt transportiert werden. In dieser Welt erhalten sie spezielle Fähigkeiten, die auf ihren individuellen Talenten basieren. Der Protagonist, Touka Mimori, wird jedoch als scheinbar nutzlos eingestuft, da seine Fähigkeit, "Giftmischer", zunächst als schwach und unbedeutend erscheint. Während seine Klassenkameraden mit mächtigen Kräften ausgestattet werden, wird er von den Lehrern und anderen Schülern verachtet und als Versager abgestempelt.

Die Handlung nimmt eine Wendung, als Touka entdeckt, dass seine Fähigkeit weitaus gefährlicher und effektiver ist, als anfangs angenommen. Er kann tödliche Gifte erschaffen und manipulieren, was ihn zu einem gefährlichen Gegner macht. Nachdem er von seinen Mitschülern und Lehrern verraten und in einem tödlichen Labyrinth zurückgelassen wird, beschließt Touka, sich zu rächen und seine eigene Stärke zu beweisen. Dabei entwickelt er eine kühle, berechnende Persönlichkeit, die ihn von den typischen Heldenfiguren unterscheidet.

Die Geschichte folgt Toukas Reise durch die gefährliche Welt, in der er auf Monster, andere Überlebende und mächtige Feinde trifft. Dabei nutzt er seine Fähigkeiten auf kreative und oft brutale Weise, um zu überleben und seine Ziele zu erreichen. Gleichzeitig wird die Dynamik zwischen den ehemaligen Klassenkameraden thematisiert, die in dieser neuen Welt unterschiedliche Wege einschlagen. Einige streben nach Macht, während andere versuchen, ihre Menschlichkeit zu bewahren.

Die Handlung ist geprägt von strategischen Kämpfen, moralischen Dilemmata und der Entwicklung der Charaktere, insbesondere Toukas Transformation von einem scheinbar schwachen Schüler zu einem furchtlosen und entschlossenen Überlebenden. Die Welt, in der die Geschichte spielt, ist voller Gefahren und Geheimnisse, die nach und nach enthüllt werden, während Touka und andere Charaktere versuchen, ihren Platz in dieser neuen Realität zu finden.