"Neon Genesis Evangelion - Iron Maiden" ist eine Manga-Serie, die im Universum der bekannten "Neon Genesis Evangelion"-Franchise angesiedelt ist. Die Handlung konzentriert sich auf die Figur der Rei Ayanami, eine der zentralen Charaktere aus der ursprünglichen Serie. Die Geschichte spielt in einer alternativen Realität, in der Rei eine mysteriöse Krankheit hat, die sie in einen Zustand zwischen Leben und Tod versetzt. Während sie in diesem Zustand verweilt, wird sie in eine virtuelle Welt gezogen, die von einem Computersystem namens "Magmadiver" geschaffen wurde.

In dieser virtuellen Welt trifft Rei auf eine Reihe von Herausforderungen und Feinden, die ihre Identität und ihren Willen testen. Sie begegnet verschiedenen Versionen ihrer selbst, die unterschiedliche Aspekte ihrer Persönlichkeit repräsentieren. Diese Begegnungen zwingen sie, sich mit ihren tiefsten Ängsten, Zweifeln und inneren Konflikten auseinanderzusetzen. Die virtuelle Welt dient als Spiegel ihrer Seele, in der sie sich selbst und ihre Existenz hinterfragen muss.

Parallel dazu wird die reale Welt nicht vernachlässigt. Die anderen Charaktere aus der "Evangelion"-Serie, wie Shinji Ikari und Asuka Langley Soryu, spielen ebenfalls eine Rolle. Sie versuchen, Rei aus ihrem Koma zu retten, indem sie in das Computersystem eindringen und die virtuelle Welt erkunden. Dabei stoßen sie auf eigene Herausforderungen und müssen sich mit den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen.

Die Handlung ist geprägt von psychologischen und philosophischen Elementen, die für die "Evangelion"-Serie typisch sind. Themen wie Identität, Existenz und die Natur des menschlichen Bewusstseins werden durch die Interaktionen der Charaktere und die Struktur der virtuellen Welt erforscht. Die Serie bietet eine tiefgründige und komplexe Erzählung, die Fans der ursprünglichen Serie ansprechen wird, während sie gleichzeitig neue Facetten der bekannten Charaktere und des Universums erkundet.