"Aoki Hagane no Arpeggio" ist eine Manga-Serie, die in einer alternativen Zukunft spielt, in der die Menschheit durch den Anstieg des Meeresspiegels gezwungen ist, sich auf das Leben auf dem Land zu beschränken. Die Ozeane werden von einer mysteriösen Flotte autonomer Schiffe, bekannt als die "Flotte des Nebels", kontrolliert. Diese Schiffe, ausgestattet mit fortschrittlicher Technologie und übermenschlicher Intelligenz, haben die menschliche Schifffahrt nahezu unmöglich gemacht und die globale Wirtschaft und Kommunikation stark beeinträchtigt.

Die Handlung konzentriert sich auf die Besatzung des U-Bootes I-401, das von einem mentalen Modell namens Iona gesteuert wird. Mentalmodelle sind humanoide Repräsentationen der Schiffe der Flotte des Nebels, die über ein eigenes Bewusstsein verfügen. Iona schließt sich dem jungen Kapitän Gunzou Chihaya und seiner Crew an, die sich gegen die Flotte des Nebels stellen, um die Menschheit zu retten. Die I-401 ist einzigartig, da sie ein ehemaliges Schiff der Flotte des Nebels ist, das sich gegen seine eigenen Befehle gestellt hat, um mit den Menschen zusammenzuarbeiten.

Im Laufe der Geschichte kämpft die Crew der I-401 gegen verschiedene Schiffe der Flotte des Nebels, darunter mächtige Schlachtschiffe und Kreuzer, die von ihren eigenen mentalen Modellen kontrolliert werden. Dabei werden die komplexen Beziehungen zwischen den mentalen Modellen und ihren menschlichen Gegenübern erforscht, wobei Fragen nach Identität, Loyalität und dem Wesen des Bewusstseins aufgeworfen werden. Die Serie thematisiert auch die ethischen Dilemmata, die sich aus dem Einsatz von Technologie und künstlicher Intelligenz ergeben, sowie die Auswirkungen von Krieg und Konflikt auf beide Seiten.

Zu den Hauptcharakteren gehören Gunzou Chihaya, ein begabter und entschlossener junger Mann, der die I-401 führt; Iona, das ruhige und analytische mentale Modell der I-401; sowie weitere Mitglieder der Crew, die jeweils ihre eigenen Fähigkeiten und Hintergründe einbringen. Auf der Seite der Flotte des Nebels stehen Charaktere wie Takao, ein mentalen Modell, das eine ambivalente Haltung gegenüber den Menschen einnimmt, und Hyuuga, ein weiteres mentales Modell, das sich mit Gunzou verbündet.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus intensiven Seeschlachten, strategischen Manövern und zwischenmenschlichen Konflikten, während die Charaktere versuchen, das Geheimnis der Flotte des Nebels zu lüften und eine Lösung für den Konflikt zwischen Mensch und Maschine zu finden. Die Serie kombiniert Elemente von Science-Fiction, Militärstrategie und philosophischer Reflexion, um eine vielschichtige und fesselnde Geschichte zu erzählen.