"Galaxy Express 999" ist eine Manga-Serie, die in einer futuristischen Welt spielt, in der die Menschheit die Möglichkeit hat, ihren Körper durch mechanische Teile zu ersetzen, um Unsterblichkeit zu erlangen. Der Protagonist, Tetsuro Hoshino, ist ein junger Junge, der in einer von Armut geprägten Welt lebt. Seine Mutter wurde von Graf Mecha, einem skrupellosen Adligen, getötet, der mechanisierte Körper besitzt. Tetsuro träumt davon, einen eigenen mechanischen Körper zu erhalten, um Rache an Graf Mecha zu nehmen und ein besseres Leben zu führen.

Die Handlung beginnt, als Tetsuro auf die mysteriöse Frau Maetel trifft, die ihm eine kostenlose Fahrkarte für den Galaxy Express 999 anbietet, einen Zug, der durch das Universum reist und dessen Ziel der Planet Andromeda ist. Dort soll es möglich sein, einen mechanischen Körper zu erhalten. Tetsuro und Maetel begeben sich auf eine epische Reise durch verschiedene Planeten und Galaxien, wobei sie auf eine Vielzahl von Charakteren und Kulturen treffen. Jeder Planet, den sie besuchen, offenbart neue Facetten der Beziehung zwischen Menschlichkeit und Technologie sowie die moralischen und ethischen Dilemmata, die mit der Mechanisierung des menschlichen Körpers einhergehen.

Während der Reise entwickelt Tetsuro eine enge Bindung zu Maetel, deren wahre Natur und Motive zunächst rätselhaft bleiben. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Maetel eine komplexe Vergangenheit hat, die eng mit der Verbreitung der mechanischen Körper und der Herrschaft der mechanisierten Elite verbunden ist. Tetsuros anfänglicher Wunsch nach Rache und einem mechanischen Körper wird durch seine Erfahrungen und Begegnungen auf der Reise infrage gestellt, da er die Vor- und Nachteile der Unsterblichkeit und die Bedeutung der menschlichen Seele erkennt.

Die Serie thematisiert tiefgreifende Fragen nach Identität, Sterblichkeit und dem Wert des Menschseins in einer zunehmend technologisierten Welt. Die Charaktere, die Tetsuro und Maetel auf ihrer Reise treffen, repräsentieren verschiedene Aspekte dieser Themen, von denen einige ihre Menschlichkeit bewahren, während andere sie vollständig aufgeben. Die Handlung ist geprägt von philosophischen Untertönen und einer düsteren, melancholischen Atmosphäre, die die Serie zu einem Klassiker des Science-Fiction-Genres macht.