"D.C.III ~Da Capo III~ (Manga)" spielt auf der fiktiven Insel Hatsunejima, einem Ort, der für seine mysteriösen Kirschbäume bekannt ist, die das ganze Jahr über blühen. Die Handlung beginnt mit dem Protagonisten Kiyotaka Yoshino, einem Schüler der Kazami Academy, der ein ruhiges Leben führt, bis er auf die geheimnisvolle Sara Rukino trifft. Sara ist eine neue Schülerin, die behauptet, aus der Zukunft zu kommen, um eine drohende Katastrophe zu verhindern. Ihre Ankunft löst eine Reihe von übernatürlichen Ereignissen aus, die das Leben der Bewohner der Insel verändern.

Kiyotaka wird in die mysteriösen Vorgänge verwickelt, als er feststellt, dass Sara über besondere Fähigkeiten verfügt, die mit den magischen Kirschbäumen verbunden sind. Diese Bäume, die als "Wunscherfüllungsbäume" bekannt sind, haben die Kraft, die Träume und Wünsche der Menschen zu erfüllen, aber oft mit unvorhersehbaren Konsequenzen. Sara erklärt, dass die Bäume außer Kontrolle geraten sind und dass ihre Mission darin besteht, dies zu verhindern, bevor es zu spät ist.

Im Laufe der Geschichte werden weitere Charaktere eingeführt, darunter Kiyotakas Freunde und Klassenkameraden, die alle auf unterschiedliche Weise von den magischen Kräften der Insel beeinflusst werden. Dazu gehören die lebhafte und energische Himeno Katsuragi, die ruhige und zurückhaltende Ricca Morizono sowie die mysteriöse und distanzierte Aoi Hinomoto. Jeder dieser Charaktere hat eine persönliche Verbindung zu den Kirschbäumen, und ihre Geschichten verflechten sich mit der Haupthandlung.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Zeitreisen, magischen Konflikten und zwischenmenschlichen Beziehungen. Sara enthüllt nach und nach, dass ihre Anwesenheit auf der Insel mit einem tragischen Ereignis in der Zukunft zusammenhängt, das sie unbedingt verhindern möchte. Kiyotaka und seine Freunde müssen sich mit ihren eigenen Wünschen und Ängsten auseinandersetzen, während sie versuchen, Sara bei ihrer Mission zu unterstützen.

Die Geschichte thematisiert die Auswirkungen von Wünschen und die Verantwortung, die mit der Erfüllung von Träumen einhergeht. Die magischen Kirschbäume dienen als Symbol für die menschliche Sehnsucht nach Glück und die Gefahren, die entstehen können, wenn diese Sehnsucht außer Kontrolle gerät. Die Handlung bleibt bis zum Ende spannungsgeladen, mit unerwarteten Wendungen und emotionalen Höhepunkten, die die Charaktere und ihre Beziehungen zueinander vertiefen.