"Fate/Apocrypha" spielt in einer alternativen Zeitlinie der "Fate"-Reihe, in der der Heilige Gral aus der ursprünglichen "Fate/stay night"-Geschichte gestohlen und in den Großen Grabenkrieg verwickelt wird. Die Handlung dreht sich um einen Konflikt zwischen zwei Fraktionen: dem Roten und dem Schwarzen Lager. Jede Fraktion besteht aus sieben Meistern, die jeweils einen heroischen Geist, einen Servant, beschwören, um im Kampf um den Heiligen Gral zu siegen.

Das Rote Lager wird von der Mages Association unterstützt und besteht aus Meistern wie Shirou Kotomine, einem Priester mit zwielichtigen Absichten, und Kairi Sisigou, einem Söldner, der den Berserker-Servant Mordred beschwört. Das Schwarze Lager wird vom Yggdmillennia-Clan angeführt, einer Familie von Magiern, die sich von der Mages Association abgespalten hat. Zu ihren Mitgliedern gehören unter anderem Fiore Forvedge Yggdmillennia, die den Saber-Servant Siegfried beschwört, und Caules Forvedge Yggdmillennia, der den Caster-Servant Avicebron an seiner Seite hat.

Im Zentrum der Geschichte steht Sieg, ein Homunculus, der als Werkzeug für das Schwarze Lager geschaffen wurde, aber durch die Begegnung mit dem Saber-Servant Jeanne d’Arc, auch bekannt als Ruler, ein eigenes Bewusstsein entwickelt. Jeanne d’Arc, die als neutrale Schiedsrichterin des Krieges fungiert, wird in den Konflikt hineingezogen, als sie sich mit Sieg verbündet und gegen die Manipulationen des Roten Lagers kämpft.

Der Konflikt eskaliert, als Amakusa Shirou Tokisada, der eigentliche Anführer des Roten Lagers, seine wahren Absichten offenbart: Er plant, den Heiligen Gral zu nutzen, um die Menschheit zu erlösen, indem er ihre Seelen in eine ewige, leidfreie Existenz überführt. Diese radikale Vision bringt ihn in direkten Konflikt mit Jeanne d’Arc, die an den freien Willen der Menschheit glaubt, sowie mit Sieg, der für seine eigene Freiheit und die der anderen Homunculi kämpft.

Die Handlung ist geprägt von epischen Kämpfen zwischen den Servants, die auf historischen und mythologischen Figuren basieren, sowie von den moralischen Dilemmata der Charaktere. Themen wie Schicksal, Freiheit und die Natur der Menschheit werden durch die Konflikte und Entscheidungen der Protagonisten erforscht. Die Geschichte gipfelt in einem finalen Showdown, in dem die Zukunft der Menschheit auf dem Spiel steht.