"Tokyo Ghoul:re" ist die Fortsetzung der "Tokyo Ghoul"-Reihe und spielt zwei Jahre nach den Ereignissen des Vorgängers. Die Handlung konzentriert sich auf Haise Sasaki, einen jungen Ermittler der CCG (Commission of Counter Ghoul), der eine spezielle Einheit namens Quinx-Squad führt. Die Mitglieder des Squads, darunter Ginshi Shirazu, Kuki Urie, Tooru Mutsuki und Saiko Yonebayashi, sind Hybridwesen, die durch chirurgische Eingriffe teilweise Ghoul-Fähigkeiten erhalten haben. Sie werden eingesetzt, um gefährliche Ghouls zu bekämpfen.

Haise Sasaki leidet unter Gedächtnislücken und wird von fragmentarischen Erinnerungen an sein früheres Leben geplagt. Im Laufe der Serie wird enthüllt, dass er in Wahrheit Ken Kaneki ist, der Protagonist der ersten Serie, dessen Erinnerungen und Persönlichkeit nach einem schweren Kampf manipuliert wurden. Die CCG hat ihn als Werkzeug gegen Ghouls umfunktioniert. Als Haise auf alte Bekannte wie die Ghoul-Organisation "Aogiri Tree" und seine früheren Freunde trifft, beginnt er, seine Identität und Vergangenheit zu hinterfragen.

Die Handlung verwebt mehrere Erzählstränge, darunter die Konflikte zwischen der CCG und verschiedenen Ghoul-Gruppierungen, die persönlichen Kämpfe der Quinx-Squad-Mitglieder und die allmähliche Wiedererlangung von Kanekis Erinnerungen. Die Serie thematisiert moralische Grauzonen, Identitätskrisen und die Frage, was es bedeutet, Mensch oder Ghoul zu sein. Charaktere wie Juuzou Suzuya, Kishou Arima und Eto Yoshimura spielen zentrale Rollen, während die Beziehungen zwischen den Figuren komplexe Dynamiken aufweisen.

Die Handlung gipfelt in einem Konflikt, der die Grenzen zwischen Freund und Feind verwischt, als Kaneki sich schließlich seiner wahren Identität bewusst wird und sich entscheiden muss, auf welcher Seite er steht. Die Serie endet mit einem offenen Ausblick auf weitere Konflikte und die fortwährende Suche nach einer Lösung für das Zusammenleben von Menschen und Ghouls.