"Tokyo Ghoul" ist eine Manga-Serie, die in einer Welt spielt, in der Ghule, menschenähnliche Wesen, die sich von menschlichem Fleisch ernähren müssen, im Verborgenen leben. Die Handlung beginnt mit Ken Kaneki, einem schüchternen Studenten, der nach einem Date mit der mysteriösen Rize Kamishiro in einen Unfall verwickelt wird. Dabei wird er schwer verletzt und erhält durch eine Organtransplantation die Organe einer Ghulin, was ihn selbst zu einem Hybridwesen zwischen Mensch und Ghul macht. Kaneki muss sich nun mit seiner neuen Identität auseinandersetzen und lernen, in der gefährlichen Welt der Ghule zu überleben.

Die Serie thematisiert Kanekis inneren Konflikt zwischen seiner menschlichen Moral und den instinktiven Bedürfnissen eines Ghuls. Er schließt sich der Anteiku-Café-Gruppe an, einer Gemeinschaft von Ghulen, die versuchen, friedlich unter Menschen zu leben. Dort trifft er auf Figuren wie Touka Kirishima, einen kämpferischen Ghul, und Yoshimura, den weisen Besitzer des Cafés, der als Mentor fungiert. Gleichzeitig wird Kaneki mit den brutalen Realitäten der Ghul-Welt konfrontiert, darunter die Verfolgung durch die CCG (Commission of Counter Ghoul), eine Organisation, die Ghule jagt und vernichtet.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Kaneki von einem naiven und unsicheren Charakter zu einem entschlossenen und mächtigen Anführer. Er wird in Konflikte zwischen verschiedenen Ghul-Gruppierungen verwickelt, darunter Aogiri Tree, eine radikale Organisation, die gegen die Unterdrückung durch die CCG kämpft. Die Serie erforscht Themen wie Identität, Moral, Vorurteile und das Überleben in einer grausamen Welt. Neben Kaneki spielen auch andere Charaktere eine zentrale Rolle, wie der CCG-Inspektor Koutarou Amon, der mit seinen eigenen Vorurteilen gegenüber Ghulen ringt, und Hide, Kanekis bester Freund, der versucht, die Wahrheit über Kanekis Veränderung herauszufinden.

Die Handlung wird durch komplexe Beziehungen, politische Intrigen und gewalttätige Konfrontationen vorangetrieben. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das in die Fortsetzung "Tokyo Ghoul:re" übergeht, in der neue Charaktere und Konflikte eingeführt werden, während die Geschichte um Kaneki und seine Verbündeten weitergeführt wird.