"takt op. Destiny" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Erde von mysteriösen Kreaturen namens D2 bedroht wird. Diese Wesen, die aus einer anderen Dimension stammen, sind unempfindlich gegen konventionelle Waffen und greifen alles an, was Musik erzeugt, da sie von Klängen angezogen werden. Die Menschheit hat sich daraufhin entschieden, Musik zu verbieten, um die D2 nicht weiter zu provozieren. In dieser Welt existieren jedoch spezielle Wesen, die als Musicarts bezeichnet werden. Diese sind menschliche Mädchen, die durch die Kraft der Musik in mächtige Kriegerinnen verwandelt werden können. Sie werden von Dirigenten begleitet, die ihre Fähigkeiten lenken und verstärken.

Die Handlung konzentriert sich auf Takt Asahina, einen talentierten, aber unkonventionellen Dirigenten, und seine Musicart Destiny, eine mysteriöse und mächtige Kriegerin, die in Form eines Klaviers erscheint. Gemeinsam reisen sie durch die zerstörte Welt, um die D2 zu bekämpfen und die Menschheit zu retten. Dabei werden sie von Anna Schneider begleitet, einer jungen Frau, die als Verbindung zwischen den Musicarts und der menschlichen Gesellschaft fungiert. Die Gruppe trifft auf verschiedene Herausforderungen, darunter mächtige D2, rivalisierende Dirigenten und die Geheimnisse hinter der Entstehung der Musicarts.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Takt und Destiny immer komplexer, da sie nicht nur als Team kämpfen, sondern auch persönliche Konflikte und emotionale Bindungen entwickeln. Destiny, die als Musicart keine menschlichen Erinnerungen besitzt, beginnt, ihre Identität und ihren Platz in der Welt zu hinterfragen. Gleichzeitig wird Takt mit den Konsequenzen seiner Entscheidungen und der Verantwortung als Dirigent konfrontiert. Die Serie verbindet actionreiche Kämpfe mit emotionalen Momenten und erkundet Themen wie Identität, Schicksal und die Macht der Musik in einer von Chaos geprägten Welt.