"Shakugan no Shana II" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Konflikte zwischen den Bewohnern der Krypta, den Flammenhaien, und den Menschen. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der die Existenz von Menschen durch mysteriöse Energien, sogenannte "Existenzkraft", aufrechterhalten wird. Flammenhaie, Wesen aus einer anderen Dimension, ernähren sich von dieser Kraft und hinterlassen "Fackeln", die als Ersatz für die verschwundenen Menschen dienen. Die Protagonistin Shana, eine Flammenhaut-Kriegerin, kämpft gemeinsam mit ihrem Partner Yuji Sakai gegen die Bedrohung durch die Flammenhaie.

In der zweiten Staffel wird die Beziehung zwischen Shana und Yuji zunehmend komplexer. Yuji, der zuvor als normaler Mensch galt, entdeckt, dass er das "Midnight Lost Child" ist, ein mächtiges Artefakt, das die Fähigkeit besitzt, die Welt zu verändern. Diese Enthüllung zieht die Aufmerksamkeit verschiedener Fraktionen auf sich, darunter die Organisation "Bal Masqué", die von dem mysteriösen Führer Snake geleitet wird. Snake plant, Yujis Kräfte zu nutzen, um eine neue Weltordnung zu erschaffen, in der Flammenhaie und Menschen in Harmonie leben können.

Shana steht vor der schwierigen Entscheidung, zwischen ihrer Pflicht als Kriegerin und ihren Gefühlen für Yuji zu wählen. Gleichzeitig wird Yuji mit den moralischen Konsequenzen seiner neu entdeckten Macht konfrontiert. Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten, Intrigen und emotionalen Momenten, die die Charaktere an ihre Grenzen bringen. Neben Shana und Yuji spielen auch Charaktere wie Kazumi Yoshida, eine Klassenkameradin, die ebenfalls Gefühle für Yuji hegt, und Wilhelmina Carmel, Shanas Mentorin, eine wichtige Rolle.

Die Staffel baut auf den etablierten mythologischen Elementen der Serie auf und erweitert sie durch neue Charaktere und Handlungsstränge. Die Spannung steigt, als sich die Konfrontation zwischen den Flammenhaut-Kriegern und der Bal Masqué zuspitzt, während gleichzeitig die persönlichen Beziehungen der Charaktere im Mittelpunkt stehen. "Shakugan no Shana II" kombiniert Action, Drama und übernatürliche Elemente zu einer fortlaufenden Erzählung, die die Zuschauer in eine komplexe Welt voller Konflikte und Emotionen eintauchen lässt.