In der zweiten Staffel von *Magia Record: Puella Magi Madoka Magica Side Story* wird die Handlung um Iroha Tamaki und ihre Suche nach ihrer vermissten Schwester Ui fortgesetzt. Die Serie spielt in der fiktiven Stadt Kamihama, in der Magical Girls gegen mysteriöse Wesen, die sogenannten "Witches", kämpfen. Iroha schließt sich einer Gruppe von Magical Girls an, darunter Yachiyo Nanami, Tsuruno Yui, Felicia Mitsuki und Sana Futaba, um gemeinsam die Geheimnisse der Stadt und die Verbindung zu den "Rumors" – urbanen Legenden, die plötzlich real werden – zu ergründen.

Im Verlauf der Staffel wird deutlich, dass Kamihama eine besondere Rolle im Schicksal der Magical Girls spielt. Die Stadt scheint eine Art Zufluchtsort zu sein, an dem die Magical Girls dem unvermeidlichen Schicksal, sich in Witches zu verwandeln, entgehen können. Dies wird durch das Auftauchen der "Doppel" ermöglicht, alternative Versionen der Magical Girls, die ihre negativen Emotionen absorbieren. Allerdings birgt dieses System eigene Gefahren, da die Doppel unkontrollierbar werden können.

Die Handlung vertieft die Konflikte zwischen den verschiedenen Fraktionen von Magical Girls, insbesondere zwischen der Gruppe um Iroha und den "Wings of the Magius", einer Organisation, die behauptet, die Magical Girls vor ihrem Schicksal retten zu wollen. Die Wings of the Magius nutzen die Rumors, um ihre Ziele zu erreichen, was zu einer Eskalation der Kämpfe in Kamihama führt. Dabei werden die moralischen Dilemmata und die emotionalen Belastungen der Magical Girls immer deutlicher, da sie zwischen Hoffnung und Verzweiflung schwanken.

Hauptcharaktere wie Iroha, Yachiyo und ihre Gefährtinnen müssen sich nicht nur mit äußeren Bedrohungen auseinandersetzen, sondern auch mit ihren inneren Konflikten und Vergangenheiten. Yachiyo, die zunächst distanziert und misstrauisch ist, öffnet sich langsam ihrer Gruppe, während Iroha weiterhin nach Antworten über Ui sucht und dabei immer tiefer in die Geheimnisse von Kamihama gezogen wird. Die Staffel endet mit einem Höhepunkt, der die Zukunft der Magical Girls und die Stabilität von Kamihama in Frage stellt, während neue Bedrohungen am Horizont auftauchen.