"Tokyo Mew Mew New" ist eine Neuauflage des klassischen Magical-Girl-Anime "Tokyo Mew Mew" aus den frühen 2000er Jahren. Die Serie erzählt die Geschichte von Ichigo Momomiya, einem normalen Schulmädchen, das durch einen wissenschaftlichen Unfall mit der DNA seltener Tierarten verschmilzt. Dadurch erhält sie die Fähigkeit, sich in eine Superheldin zu verwandeln, die als "Mew Mew" bezeichnet wird. Ihre Mission ist es, die Erde vor einer außerirdischen Bedrohung zu schützen, die von den mysteriösen Chimera-Animas ausgeht, Kreaturen, die von den Aliens geschaffen wurden, um die Menschheit zu unterwerfen.

Die Handlung beginnt, als Ichigo während eines Besuchs in einem ökologischen Themenpark von einem geheimnisvollen Lichtstrahl getroffen wird. Kurz darauf bemerkt sie seltsame Veränderungen an ihrem Körper und trifft auf Ryou Shirogane, den Leiter eines geheimen Projekts, das darauf abzielt, die Erde zu retten. Er erklärt ihr, dass sie nun Teil eines Teams ist, das aus weiteren Mädchen besteht, die ebenfalls mit Tier-DNA verschmolzen wurden. Zusammen bilden sie die "Mew Mews", eine Gruppe von Kämpferinnen, die gegen die Chimera-Animas und ihre Schöpfer, die Aliens, antreten.

Neben Ichigo gehören zu dem Team Mint Aizawa, eine elegante und distanzierte Violinistin, die die DNA eines blauen Loris in sich trägt, Lettuce Midorikawa, ein schüchternes Mädchen mit der DNA eines Fischotters, Pudding Fong, eine energiegeladene und verspielte Köchin mit der DNA eines Goldkronensifakas, und Zakuro Fujiwara, eine mysteriöse und reife Sängerin mit der DNA eines grauen Wolfs. Jede von ihnen verfügt über einzigartige Fähigkeiten, die auf den Eigenschaften ihrer Tier-DNA basieren.

Im Laufe der Serie kämpfen die Mew Mews nicht nur gegen die Chimera-Animas, sondern müssen auch mit den Herausforderungen ihres Alltags als Teenager zurechtkommen. Besonders Ichigo steht vor der schwierigen Aufgabe, ihre Gefühle für Masaya Aoyama, ihren Schwarm, zu bewältigen, während sie gleichzeitig ihre Identität als Mew Mew geheim halten muss. Die Beziehung zwischen Ichigo und Masaya wird durch die Anwesenheit von Kish, einem der Aliens, der sich in Ichigo verliebt, zusätzlich kompliziert.

Die Serie verbindet Action, Humor und emotionale Momente, während sie Themen wie Umweltschutz, Freundschaft und Selbstfindung behandelt. Die Mew Mews müssen nicht nur ihre Kräfte meistern, sondern auch lernen, als Team zusammenzuarbeiten, um die Bedrohung durch die Aliens zu besiegen und die Erde zu retten.