"Sword Art Online: Alicization - War of Underworld" ist ein TV-Special, das die Handlung der zweiten Hälfte der "Alicization"-Saga fortsetzt. Die Geschichte spielt in der virtuellen Welt "Underworld", einem hochkomplexen Simulationssystem, das menschliche Bewusstsein nachahmt. Kirito, der Protagonist, befindet sich nach den Ereignissen des vorherigen Arcs in einem komatösen Zustand, während sein Bewusstsein in der Underworld gefangen ist. Dort kämpft er gegen die Auswirkungen eines Angriffs, der seine geistigen Fähigkeiten beeinträchtigt hat.

Die Handlung konzentriert sich auf den anhaltenden Konflikt zwischen den menschlichen Bewohnern der Underworld, den "Human Empire Unity", und den künstlichen Intelligenzen der "Dark Territory". Letztere werden von Administrator Quinella, der ehemaligen Herrscherin der Underworld, und ihrem Nachfolger, dem mächtigen Gegner Gabriel Miller, angeführt. Gabriel, ein realer Mensch, der die Underworld betreten hat, strebt danach, die Welt zu zerstören und Kiritos Bewusstsein zu übernehmen.

Währenddessen versuchen Kiritos Freunde aus der realen Welt, darunter Asuna, Sinon und Leafa, in die Underworld einzudringen, um ihn zu retten und den Krieg zu beenden. Asuna spielt eine zentrale Rolle, da sie sich in die Underworld einloggt, um Kirito direkt zu unterstützen. Sie schließt sich den Verteidigern des Human Empire an und kämpft an der Seite von Alice Synthesis Thirty, einer Ritterin der Integrity Knights, die sich gegen die Invasion der Dark Territory stellt.

Der Krieg eskaliert, als beide Seiten ihre stärksten Kräfte mobilisieren. Die Schlachten sind geprägt von strategischen Manövern, emotionalen Konflikten und der Frage, ob künstliche Intelligenzen und menschliche Bewusstseine gleichwertig sind. Kirito, der zunächst passiv bleibt, erwacht schließlich aus seinem geistigen Zustand und nimmt aktiv am Kampf teil, um seine Freunde und die Underworld zu schützen.

Die Handlung thematisiert die Grenzen zwischen Realität und Virtualität, die Ethik künstlicher Intelligenz und die Bedeutung von Freundschaft und Opferbereitschaft. Die Charaktere werden vor moralische Entscheidungen gestellt, die sowohl ihre persönlichen Beziehungen als auch das Schicksal der Underworld beeinflussen. Der Krieg kulminiert in einem finalen Konflikt, der über die Zukunft der virtuellen Welt und das Schicksal aller Beteiligten entscheidet.