"Armored Trooper Votoms: Pailsen Files" ist ein Anime-Film, der als Prequel zur ursprünglichen "Armored Trooper Votoms"-Serie fungiert. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit in einem langwierigen Krieg zwischen den Planeten Melkia und Balarant verwickelt ist. Der Film konzentriert sich auf die Figur des Chirico Cuvie, einen erfahrenen und mysteriösen Soldaten, der in die Ereignisse verwickelt wird, die später zur Haupthandlung der Serie führen.

Die Geschichte beginnt mit Chiricos Rückkehr von einer gefährlichen Mission, bei der er als Mitglied der Melkianischen Armee gegen die Balarant kämpft. Nach seiner Rückkehr wird er jedoch von seinen eigenen Vorgesetzten verraten und als Versuchskaninchen für ein geheimes Militärprojekt namens "Pailsen Files" missbraucht. Dieses Projekt zielt darauf ab, supersoldaten zu schaffen, die durch genetische Manipulation und psychologische Konditionierung zu perfekten Kriegern werden sollen. Chirico wird gefoltert und manipuliert, doch er widersteht den Experimenten und behält seine Menschlichkeit.

Während seiner Gefangenschaft trifft Chirico auf andere Soldaten, die ebenfalls Opfer des Projekts geworden sind. Unter ihnen ist Ypsilon, ein genetisch veränderter Supersoldat, der als Chiricos Gegenspieler fungiert. Die beiden entwickeln eine komplexe Rivalität, die von Respekt und Konfrontation geprägt ist. Chirico gelingt es schließlich, aus der Gefangenschaft zu entkommen, doch er bleibt gezeichnet von den Erlebnissen und den moralischen Dilemmata, die das Projekt aufwirft.

Der Film erkundet Themen wie die Grausamkeit des Krieges, die Ethik wissenschaftlicher Experimente und die psychologischen Auswirkungen von Gewalt und Verrat. Chiricos Charakter wird als widerstandsfähig und zielstrebig dargestellt, während er sich gegen die unmenschlichen Bedingungen wehrt, die ihm auferlegt werden. Die Handlung legt die Grundlage für die späteren Ereignisse in der "Votoms"-Serie und bietet Einblicke in die Hintergründe des Konflikts und der Charaktere.