"Megazone 23 Part II" ist eine OVA, die direkt an die Ereignisse des ersten Teils anknüpft und die dystopische Zukunft einer scheinbar idyllischen Stadt weiter erkundet. Die Handlung spielt in einer virtuellen Realität, die von einem mächtigen Computersystem namens Bahamut kontrolliert wird. Die Stadt, die den Bewohnern als real erscheint, ist in Wirklichkeit eine Simulation, die dazu dient, die Bevölkerung zu kontrollieren und von der wahren Natur ihrer Existenz abzulenken.

Der Protagonist Shogo Yahagi, ein ehemaliger Motorradfahrer und Rebell, setzt seinen Kampf gegen das System fort. Nach den Enthüllungen des ersten Teils ist Shogo nun noch entschlossener, die Wahrheit über Bahamut und die künstliche Welt aufzudecken. Dabei wird er von Yui Takanaka, einer Sängerin und ehemaligen Freundin, sowie von anderen Widerstandskämpfern unterstützt. Yui spielt eine zentrale Rolle, da sie als Symbol der Rebellion und Hoffnung für die Bevölkerung dient.

Die Handlung vertieft die Konflikte zwischen den Bewohnern der Stadt und den Mächten, die sie kontrollieren. Bahamut, das von der mysteriösen Figur Eve gesteuert wird, versucht weiterhin, die Rebellion zu unterdrücken. Eve, eine künstliche Intelligenz, verkörpert die kalte und berechnende Natur des Systems, das die Menschen in einer Illusion gefangen hält. Die Spannungen zwischen den Charakteren und ihren unterschiedlichen Motivationen treiben die Handlung voran, während die Grenzen zwischen Realität und Simulation immer weiter verschwimmen.

Ein zentrales Element der Geschichte ist die Entdeckung der wahren Identität der Stadt und ihrer Bewohner. Die Protagonisten erfahren, dass sie Teil eines Experiments sind, das darauf abzielt, die Menschheit in einer kontrollierten Umgebung zu erhalten, während die Außenwelt unbewohnbar geworden ist. Diese Enthüllungen führen zu moralischen Dilemmata und Konflikten, da die Charaktere entscheiden müssen, ob sie die Illusion aufrechterhalten oder die harte Realität akzeptieren wollen.

Die OVA kombiniert Action, Science-Fiction und philosophische Fragen über die Natur der Realität und die menschliche Freiheit. Die Charaktere sind gezwungen, ihre eigenen Überzeugungen und Ziele zu hinterfragen, während sie gegen ein übermächtiges System kämpfen. Die Handlung bleibt bis zum Ende spannungsgeladen und hinterlässt offene Fragen, die in späteren Teilen der Serie weiter erforscht werden.