Yugi Mutō ist ein Oberschüler, der in Domino City lebt. Er besitzt das altägyptische Millennium-Puzzle, in dem der Geist des Pharaos Atem, bekannt als Yami Yugi, wohnt. Dieser Geist übernimmt manchmal in gefährlichen Situationen die Kontrolle über Yugis Körper, was Yugi anfangs nicht bewusst war. Die beiden Geister bilden schließlich eine Partnerschaft und teilen sich den Titel "König der Spiele". Yugi zeigt außergewöhnliches Geschick bei Spielen, Rätseln und insbesondere dem Kartenspiel Duel Monsters, gepaart mit einer gutherzigen und nachsichtigen Art ohne Boshaftigkeit. Anfangs ist er schüchtern und unsicher, besonders gegenüber Verehrern oder in Menschenmengen, wird aber mit der Zeit entschlossener. Er ist bereit, sich für andere zu opfern, einschließlich seiner Freunde oder Yami Yugi.

Yugi lebt mit seiner Mutter und seinem Großvater väterlicherseits, Solomon Mutō, der den Kame Game Shop besitzt. Solomon erwarb das Millennium-Puzzle während einer archäologischen Expedition im Tal der Könige in Ägypten und schenkte es später Yugi. Yugi hat eine enge Gruppe von Freunden: Joey Wheeler, Tristan Taylor, Téa Gardner und Ryou Bakura. Er hegt seit seiner Kindheit eine langjährige romantische Zuneigung zu Téa. Joey und Tristan schikanierten Yugi einst, wurden aber Freunde, nachdem Yugi sie während eines Angriffs eines anderen Schülers, Ushio, verteidigte. Dieses Ereignis veranlasste Joey auch, ein fehlendes Teil des Millennium-Puzzles zurückzuholen, das er zuvor weggeworfen hatte.

Während der Ereignisse von *Yu-Gi-Oh! 3D: Bonds Beyond Time*, die nach dem Battle City-Turnier, aber vor der Handlung von Waking the Dragons angesiedelt sind, nimmt Yugi an einem Duell-Turnier in Domino City teil, das von Maximillion Pegasus veranstaltet wird, begleitet von Solomon. Der Antagonist Paradox, ein Überlebender aus einer ruinierten Zukunft, reist zurück in die Zeit, um Duel Monsters auszulöschen, indem er Pegasus tötet. Paradox greift das Turnier mit korrumpierten Versionen mächtiger Monster wie "Stardust Dragon", "Cyber End Dragon" und "Rainbow Dragon" an. Der Angriff tötet Pegasus, Solomon und viele Zuschauer und lässt Yugi als einzigen Überlebenden zurück. Als er das Halstuch seines Großvaters in den Trümmern findet, trauert Yugi um Solomons Tod.

Der Crimson Dragon greift ein und bringt Yugi 30 Minuten zurück in die Zeit vor Paradox' Angriff. Yugi trifft auf die Zeitreisenden Yusei Fudo (aus der Zukunft) und Jaden Yuki (aus einer Zwischenzeitlinie), die Paradox' Plan erklären, die Geschichte zu verändern, indem er Duel Monsters auslöscht. Yugi erkennt die katastrophalen Folgen – einschließlich des Auslöschens aller Personen und Ereignisse, die mit dem Spiel verbunden sind – und stimmt zu, dabei zu helfen, Paradox aufzuhalten. Um dieser Bedrohung zu begegnen, erlaubt Yugi Yami Yugi, die Kontrolle über seinen Körper zu übernehmen. Yugi (repräsentiert durch Yami Yugi), Jaden und Yusei bestreiten ein Drei-gegen-eins-Duell gegen Paradox. Das Trio besiegt Paradox, indem es die Kräfte ihrer Schlüsselmonster kombiniert, und verhindert so die Veränderung der Geschichte. Dieser Sieg sorgt für die Wiederbelebung von Pegasus, Solomon und den anderen Opfern und stellt die Zeitlinie wieder her. Nach dem Duell verabschiedet sich Yugi von Jaden und Yusei, die in ihre jeweiligen Zeiten zurückkehren.

Yūgi Mutō