"Yu-Gi-Oh! 3D: Bonds Beyond Time" ist ein Anime-Film, der die Charaktere aus drei verschiedenen "Yu-Gi-Oh!"-Serien zusammenführt: "Yu-Gi-Oh! Duel Monsters", "Yu-Gi-Oh! GX" und "Yu-Gi-Oh! 5D's". Die Handlung dreht sich um eine Bedrohung, die die gesamte Zeitlinie des Duellierens gefährdet. Der Antagonist Paradox, ein mysteriöser Duellant aus der Zukunft, reist durch die Zeit, um die Erschaffung des Kartenspiels "Duel Monsters" zu verhindern. Sein Ziel ist es, die Vergangenheit zu ändern und damit die Zukunft zu retten, in der die Welt durch die Zerstörungskraft der Duelle verwüstet wurde.

Um Paradox aufzuhalten, verbünden sich die Protagonisten Yami Yugi aus "Yu-Gi-Oh! Duel Monsters", Jaden Yuki aus "Yu-Gi-Oh! GX" und Yusei Fudo aus "Yu-Gi-Oh! 5D's". Die drei Duellanten reisen gemeinsam durch die Zeit, um Paradox zu stellen und die Integrität der Zeitlinie zu bewahren. Dabei müssen sie nicht nur gegen Paradox kämpfen, sondern auch gegen mächtige Monster, die er beschwört, darunter die legendären "Timelords".

Der Film kombiniert Elemente aus den drei Serien und zeigt die einzigartigen Fähigkeiten und Spielstile der jeweiligen Protagonisten. Yami Yugi setzt auf strategisches Denken und die Kraft der "Götterkarten", Jaden Yuki nutzt seine Verbindung zu den "Elemental Heroes", und Yusei Fudo bringt die Technologie der "Synchro-Beschwörungen" aus seiner Zeit ein. Gemeinsam bilden sie ein starkes Team, das sich den Herausforderungen der Zeitreise und den Duellen gegen Paradox stellt.

Die Handlung betont die Bedeutung von Freundschaft, Zusammenarbeit und dem Glauben an die Kraft des Duellierens, um selbst die größten Bedrohungen zu überwinden. Der Film bietet eine actionreiche Geschichte, die Fans der verschiedenen "Yu-Gi-Oh!"-Serien anspricht und die Charaktere in einem neuen Kontext vereint.