Lysandre ist eine wohlhabende und einflussreiche Persönlichkeit, die Lysandre Labs gegründet hat, ein Unternehmen, das Pionierarbeit in Innovationen wie dem Holo Caster leistet. Öffentlich präsentiert er sich als Philanthrop, der sich der Schaffung einer besseren Zukunft durch Technologie und Forschung verschrieben hat. Seine Vergangenheit war geprägt von ausgedehnten Reisen um die Welt, um Bedürftigen zu helfen, doch die Erfahrung, dass die Begünstigten zunehmend fordernd und gierig wurden, führte zu tiefer Desillusionierung. Dies nährte einen tiefen Zynismus gegenüber der Menschheit und überzeugte ihn von deren inhärenter Selbstsucht und der unhaltbaren Knappheit globaler Ressourcen. Folglich gründete er Team Flare, eine Organisation mit dem verborgenen Ziel, die Welt umzugestalten, indem er diejenigen beseitigt, die er für unwürdig hält.

Nach außen hin wirkt er ruhig und intellektuell, geht oft respektvoll mit Persönlichkeiten wie dem Hoenn-Champion Steven Stone um. Er zeigt echte wissenschaftliche Neugier, besonders für Phänomene wie Mega-Entwicklung und antike Energiequellen wie den Riesenfelsen. Unter dieser Fassade verbirgt sich jedoch rücksichtsloser Pragmatismus. Er manipuliert andere, um seine Ambitionen voranzutreiben, etwa indem er den mächtigen Mega-Entwicklungs-Nutzer Alain rekrutiert, indem er ihm Ressourcen und einen Sinn bietet. Er nutzt Alains Streben nach Stärke, weist ihm Aufgaben unter dem Deckmantel des Schutzes der Menschheit zu, während er heimlich seine eigenen Ziele verfolgt.

Während der Ereignisse in „Mega Evolution Special III“ leitet Lysandre die Operationen aus seinem Labor heraus. Er beobachtet das Auftauchen von Primal-Groudon und Primal-Kyogre nahe Rustboro City und erkennt ihre Verbindung zum verschwundenen Riesenfelsen. Er kontaktiert Alain und Steven, informiert sie über die Bewegungen der legendären Pokémon und äußert die Sorge, ihr Zusammenstoß könnte die Welt vernichten. Er gibt sein Wissen über Primal-Rückentwicklung preis und erzählt die alte Legende von Groudon und Kyogre, die um eine gewaltige Energiequelle kämpften, die er als den Riesenfelsen identifiziert.

Als der Riesenfelsen während des Kampfs der Primal-Pokémon erscheint, befiehlt Lysandre Alain, ihn „zum Wohle der Menschheit“ zu beschützen. Er beobachtet, wie Alain und Steven mit ihren mega-entwickelten Charizard und Metagross eingreifen, die gegen die Primal-Kräfte kämpfen. Nachdem Mega-Rayquaza auftaucht und Groudon und Kyogre besiegt, trifft Lysandres Team per U-Boot ein. Er kontaktiert Steven und verkündet die erfolgreiche Eindämmung der Strahlung des Riesenfelsens. Er rechtfertigt den Transport nach Kalos für weitere Studien mit der potenziellen Gefahr. Anschließend lobt er Alain und bietet an, intensive Trainingskämpfe zu organisieren, um ihm zu größerer Stärke zu verhelfen – und deutet dabei privat eine bevorstehende, weltverändernde Wende für Kalos an.

Lysandres ultimatives Ziel, das er während dieser Ereignisse verbirgt, besteht darin, mächtige Entitäten wie den Riesenfelsen und Zygarde zu nutzen, um seine Vision einer „schönen Welt“ zu verwirklichen. Diese Vision erfordert eine radikale Reduzierung der Weltbevölkerung, um Ressourcen zu erhalten, was nur durch massenhafte Zerstörung von Menschen und Pokémon erreicht werden kann. Er betrachtet Pokémon als großartige Wesen, die von Menschen tragisch ausgenutzt werden, und hält ihre Beseitigung neben den Menschen für eine notwendige Tragödie für ein höheres Gut. Seine Aktionen zur Sicherung des Riesenfelsens sind ein strategischer Schritt, um die Macht für diesen genozidalen Plan zu erlangen, und zeigen seine Bereitschaft, Krisen auszunutzen und Verbündete wie Alain für seine verborgenen, radikalen Ziele zu manipulieren.

Lysandre