In "Pokémon: Mega Evolution Special III" steht die Reise von Alain, einem erfahrenen Pokémon-Trainer und Forscher, im Mittelpunkt. Alain ist spezialisiert auf die Erforschung der Mega-Entwicklung, einer mächtigen Formveränderung, die bestimmte Pokémon durch den Einsatz von Mega-Steinen und Key Stones erreichen können. Die Handlung knüpft an die Ereignisse der vorherigen Specials an, in denen Alain bereits auf Ash Ketchum und dessen Pikachu traf. Diesmal konzentriert sich die Geschichte auf Alains Bemühungen, die Geheimnisse der Mega-Entwicklung weiter zu erforschen und seine Fähigkeiten als Trainer zu verbessern.

Alain reist mit seinem Charizard, das in der Lage ist, sich zu Mega-Charizard X zu entwickeln, durch verschiedene Regionen, um stärkere Gegner zu finden und seine Grenzen zu testen. Dabei trifft er auf Lysander, den Anführer von Team Flare, einer Organisation, die die Mega-Entwicklung für ihre eigenen Zwecke nutzen will. Lysander versucht, Alain für seine Pläne zu gewinnen, indem er ihm die Möglichkeit bietet, gegen immer stärkere Gegner anzutreten. Alain, der von der Suche nach Stärke getrieben ist, lässt sich zunächst auf diese Herausforderungen ein, ohne die wahren Absichten von Team Flare zu durchschauen.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass Team Flare die Energie der Mega-Entwicklung nutzen will, um eine mächtige Waffe zu erschaffen. Alain gerät in einen inneren Konflikt, als er erkennt, dass seine Zusammenarbeit mit Lysander möglicherweise verheerende Konsequenzen haben könnte. Gleichzeitig trifft er erneut auf Ash, der sich weiterhin für Freundschaft und Harmonie zwischen Pokémon und Menschen einsetzt. Die Begegnung mit Ash und dessen unerschütterlichem Glauben an die positiven Werte des Trainerdaseins führt dazu, dass Alain seine eigenen Motive und Ziele hinterfragt.

Die Handlung gipfelt in einem intensiven Kampf zwischen Alain und Ash, bei dem beide Trainer ihr Bestes geben, um ihre Stärke und ihre Überzeugungen unter Beweis zu stellen. Dieser Kampf dient nicht nur als Höhepunkt der Specials, sondern auch als Wendepunkt für Alain, der beginnt, seine Rolle als Trainer und Forscher neu zu definieren. Die Geschichte endet mit offenen Fragen, die auf zukünftige Entwicklungen und Konflikte hindeuten, insbesondere im Hinblick auf die Pläne von Team Flare und Alains weitere Reise.